即取即用的 AI-Ready 医疗数据集库

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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 604 个数据集

电子健康记录药物发现与化学临床电子病历真实世界数据药物安全重症监护

THIN — 英国初级保健 EHR 数据库

约 1,970 万累计患者850+ 全科诊所5 张核心数据表Read code 层级编码申请审核 + 商业许可1994 年起纵向记录累计约 1,970 万患者（现役约 290 万）

覆盖约 6% 英国人口的 1,970 万人初级保健电子病历库

IQVIA（The Health Improvement Network / IQVIA Medical Research Data） url: https://www.the-health-improvement-network.com/ 60

药物发现与化学电子健康记录药物安全真实世界数据评测基准

TWOSIDES — 药物相互作用副作用权威数据集

4,651,131 药物对-副作用关联63,473 个药物组合645 种药物1,301 种 MedDRA 副作用CSV 开放下载不适用（FAERS 自发报告聚合数据；覆盖 645 种药物）

645 药物 × 63,473 药物对，465 万药物对-副作用关联

Tatonetti Lab（斯坦福大学，后哥伦比亚大学，现 Cedars-Sinai） url: http://tatonettilab.org/resources/tatonetti-stm.html 85

药物发现与化学电子健康记录药物安全疾病监测真实世界数据

FAERS — 全球最大自发药物警戒库

FDA 公开免费下载季度非累计 ASCIIXMLMedDRA 编码七表 PRIMARYID 关联含重复报告需去重去标识化公开数千万条报告（含重复，FDA 仪表盘 2026-03 约 3,282 万条）

FDA 不良事件自发报告系统 · 累计报告 3,000 万+ · 公开免费

U.S. Food and Drug Administration (FDA) url: https://fis.fda.gov/extensions/FPD-QDE-FAERS/FPD-QDE-FAERS.html 60

医学影像医学图像分割图像分类病理图像眼科影像

PALM — 病理性近视眼底多任务分割

1,200 张眼底彩照400/400/400 官方划分4 项任务多标签研究用途注册获取720 名受试者 / 1,200 只左眼眼底照

1,200 张眼底照 · 病理性近视分类＋病灶/视盘分割＋中央凹定位

iChallenge / Zhongshan Ophthalmic Center & Baidu（IEEE DataPort / FigShare 存档） url: https://palm.grand-challenge.org 86

基因组学与多组学测序数据转录组

FANTOM5 — 哺乳动物转录调控元件图谱

2,832 个 CAGE 样本201,802 个人类 CAGE 峰65,423 个增强子CC BY 4.0 开放获取核心表达表 4.1 GB2,832 个样本（1,816 人 + 1,016 小鼠，phase 1+2）

975 人类样本启动子图谱 + 43,011 增强子，CAGE 单碱基分辨率转录调控参考

FANTOM Consortium / RIKEN Center for Integrative Medical Sciences url: https://fantom.gsc.riken.jp/5/ 68

生理信号电子健康记录重症监护临床电子病历

MC-MED — 斯坦福急诊多模态监护基准

118,385 次急诊就诊70,545 名患者83,623 次就诊含波形7 张主表约 5,800 万行CSV + WFDB 格式7.05 万名患者 / 11.84 万次急诊就诊

118,385 次急诊就诊的 EHR、生命体征与波形多模态基准

斯坦福大学医学院（Stanford Health Care / STARR）与 Nightingale Open Science、PhysioNet 联合托管 url: https://physionet.org/content/mc-med/1.0.1/ 51

生理信号电子健康记录可穿戴传感心电信号重症监护

PulseDB — 无袖带血压估计基准波形库

约 5,245,454 段 10 秒波形5,361 名受试者约 213.4 GB 压缩包MAT v7.3 格式官方 Calib 与 CalibFree 划分5,361 名受试者（MIMIC-III 2,423 + VitalDB 2,938）

5,361 名受试者、524 万段 PPG/ECG/ABP 配对波形的血压估计基准库

Rutgers University Integrated Systems and NeuroImaging Laboratory（PulseDB 官方仓库） url: https://github.com/pulselabteam/PulseDB 80

医学影像手术视频眼科影像

CATARACTS — 白内障手术视频基准

50 台白内障手术117.8 GB Full HD 视频21 类器械逐帧标注18+1 类手术阶段标注免费开放获取50 名白内障患者（38 女 / 12 男，平均 61 岁）

50 台白内障手术、9 小时 Full HD 显微镜视频、21 类器械与 18 类手术阶段逐帧标注

布雷斯特大学医院（CHU de Brest）× LaTIM / Inserm UMR 1101 url: https://ieee-dataport.org/open-access/cataracts 62

生理信号时序数据睡眠信号脑电信号

MASS — 蒙特利尔睡眠研究档案

200 例整夜 PSG256 Hz 采样SS1-SS5 五子集EDF+ 格式需伦理批准申请AASMR&K 双分期手册200 名受试者（97 男 / 103 女）

200 例实验室 PSG 睡眠分期基准 · 5 子集 · 256 Hz · 引用 443+

Université de Montréal / CÉAMS (Centre d'études avancées en médecine du sommeil) url: https://borealisdata.ca/dataverse/MASS 82

公共卫生与流行病学调查数据公共卫生统计

BRFSS — 全球最大健康行为电话调查

433,323 条访谈（2023 年）345 个变量（XPT）ASCIIXPT 免费Public Domain433,323 名成人受访者（2023 年，历年 40 万+/年）

CDC 主持、每年 40 万+ 成人访谈、覆盖美国 50 州的健康行为监测金矿

U.S. Centers for Disease Control and Prevention（CDC） url: https://www.cdc.gov/brfss/annual_data/annual_data.htm 50

基因组学与多组学药物发现与化学化学信息学蛋白质组学评测基准

PLINDER — 44.9 万蛋白-配体系统评测资源

449,383 个蛋白-配体系统750+ 维注释系统约 300GB 压缩（不含 scores）免费开放下载非患者数据，结构生物学数据集

449,383 个蛋白-配体系统，750+ 维注释与防泄漏划分

PLINDER 项目组（巴塞尔大学 & SIB、VantAI/Proxima、NVIDIA、MIT CSAIL） url: https://www.plinder.sh 72

药物发现与化学医学问答与基准分子性质预测化学信息学评测基准

MoleculeNet — 分子机器学习基准套件

17 个子数据集约 78.3 万化合物849 个任务SMILES + 3D 坐标MIT（聚合层）DeepChem 一行加载免费获取78.3 万个化合物

分子 ML 的 ImageNet · 17 个子数据集 · 78 万化合物 · 849 个任务

斯坦福大学 Pande Lab & Schrödinger url: https://moleculenet.org/ 84

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