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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1427 个数据集

医疗NLP命名实体识别生物医学文献知识图谱

MedMentions — 35 万提及 UMLS 实体链接语料

4,392 篇 PubMed 摘要352,496 个实体提及34,724 个唯一 UMLS 概念CC0 免费公开PubTator 纯文本格式0 名患者（公开发表的文献摘要语料，不涉及患者数据）

4,392 篇 PubMed 摘要、352,496 个 UMLS 概念链接提及的开放 CC0 语料

Chan Zuckerberg Initiative (CZI) url: https://github.com/chanzuckerberg/MedMentions 47

医学影像手术视频内窥镜影像

MultiBypass140 — 多中心胃旁路手术视频集

140 台 LRYGB 手术视频12 阶段 + 46 步骤标注5 类术中不良事件 797 例约 770,701 个 1 fps 标注帧免费公开下载（CC BY-NC-SA 4.0）140 例手术患者（每中心 70 例）

140 台多中心腹腔镜胃旁路手术视频，12 阶段 + 46 步骤全量标注

CAMMA International（IHU Strasbourg / Inselspital Bern） url: https://github.com/CAMMA-public/MultiBypass140 88

医学影像手术视频内窥镜影像医学图像分割

AutoLaparo — 腹腔镜子宫切除术三任务数据集

21 台手术视频83,243 帧阶段标注1,800 帧 9 类分割 mask300 个运动 clipsCC-BY-NC-SA 4.0 学术专用21 例（单中心全子宫切除术患者）

21 台全子宫切除术完整视频，83,243 帧逐帧阶段标注，阶段识别/运动预测/器械分割三任务一体

The Chinese University of Hong Kong（香港中文大学） url: http://autolaparo.github.io/ 78

医学影像手术视频内窥镜影像医学图像分割

Endoscapes — 腹腔镜手术安全视野评估基准

201 例手术视频58,813 帧图像11,090 帧 CVS 标注1,933 帧边界框标注493 帧实例分割CC BY-NC-SA 4.0201 例患者（单中心手术视频）

201 例腹腔镜胆囊切除术、58,813 帧手术场景分割与 CVS 评估基准

CAMMA 研究组（IHU Strasbourg） url: https://github.com/CAMMA-public/Endoscapes 84

医学影像手术视频内窥镜影像

JIGSAWS — 手术手势与技能评估

103 段手术试验76 维运动学 @ 30 Hz640×480 立体视频15 类手势标注免费注册获取8 名外科医生受试者（台式模型，无患者数据）

103 段达芬奇手术试验，76 维运动学与手势标注的技能评估金标准

Johns Hopkins University CIRL Laboratory × Intuitive Surgical, Inc. url: https://cirl.lcsr.jhu.edu/research/hmm/datasets/jigsaws_release/ 107

医疗NLP生物医学文献关系抽取命名实体识别知识图谱

BioRED — 生物医学文档级关系抽取黄金标准

600 篇 PubMed 摘要6,503 条人工标注关系20,419 个实体提及6 类实体 8 类关系PubTator 格式免费开放下载不适用（公开文献摘要语料，不含患者级数据）

600 篇 PubMed 摘要、6 类实体、8 类非方向性关系的文档级关系抽取金标准语料

NCBI（NLM/NIH）/ BioRED 语料团队 url: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/Tools/BioRED/ 57

医疗NLP命名实体识别生物医学文献

JNLPBA — 五类生物实体 NER 金标准

2,404 篇 MEDLINE 摘要59,963 个实体标注IOB2 格式5 类生物实体CC-BY-3.0 开放下载不适用（公开文献文本语料，不含患者数据）

2,404 篇 MEDLINE 摘要、59,963 个实体标注的五类生物 NER 基准

GENIA 项目（日本国立情报学研究所 NII / 东京大学） url: http://www.geniaproject.org/shared-tasks/bionlp-jnlpba-shared-task-2004 47

医学影像内窥镜影像手术视频

SCARED — 手术场景深度估计数据集

约 280 GB TIFFPNGMP4,9 个数据集（7 训练 + 2 测试）每数据集 4-5 个 keyframes1280×1024 立体视频申请审核获取不适用（猪尸体实验数据，无人类患者）

MICCAI 2019 内窥镜深度估计基准 · 9 个数据集 · 约 280 GB

Intuitive Surgical（MICCAI EndoVis 2019 SCARED 子挑战） url: https://endovissub2019-scared.grand-challenge.org/ 114

医学影像病理图像乳腺癌

ACROBAT — 乳腺癌多染色 WSI 配准

4,212 张 WSI1,153 例患者482 GB 金字塔 TIFFCC-BY 开放下载54,800 个人工 landmark1,153 例女性原发性乳腺癌患者

4,212 张全切片 / 1,153 例乳腺癌，H&E-IHC 多染色配准基准

Karolinska Institutet（瑞典国家数据服务 SND 托管） url: https://researchdata.se/en/catalogue/dataset/2022-190-1 83

医学影像MRI肿瘤学挑战赛数据集目标检测

PI-CAI — 前列腺 MRI 癌症 AI 基准

1,500 例 bpMRI 检查约 27.6GB MHA 压缩包CC BY-NC 4.0 非商业病灶级 AP + 患者级 AUROC1,500 例 MRI 检查（9,129 名患者的完整队列子集）

1,500 例多中心前列腺 bpMRI，csPCa 检测与 PI-RADS 分级基准

Radboud University Medical Center（Diagnostic Image Analysis Group，PI-CAI Consortium） url: https://pi-cai.grand-challenge.org/ 69

医学影像病理图像肿瘤学

OCELOT — 细胞-组织跨尺度病理数据集

673 对跨尺度图像块306 张 TCGA WSI303.2 MB ZIP67 位病理学家标注Zenodo 注册后开放306 张 TCGA 全切片（患者级人数未单独披露）

673 对跨尺度配对病理图像块，306 张 TCGA H&E 全切片，细胞-组织关系研究首选用途

Lunit Inc.（TCGA 源数据） url: https://zenodo.org/records/8417503 69

医学影像MRI医学图像分割挑战赛数据集心血管疾病

EMIDEC 挑战赛数据集 — 延迟增强心脏 MRI 心肌梗死评估

NIfTI 图像 + NIfTI 标签 + 临床文本（每例 3 个文件）150 例（50 正常100 急性心梗）150 例检查（训练 100 例 67P/33N + 分割测试 50 例 33P/17N；分类赛另有未公开独立测试集）

150 例成人急性心梗 DE-MRI · 心肌/梗死/无复流三区手工标注 · MICCAI 2020 STACOM 分割与分类双赛

勃艮第大学 ImViA 实验室 & 第戎大学医院（University of Burgundy, ImViA Laboratory & University Hospital of Dijon, France） url: https://emidec.com/dataset 49

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