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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 1414 个数据集

公共卫生与流行病学基因组学与多组学医学影像

UK Biobank — 大规模人群队列

503,317 招募志愿者490,640 人 WGS10 万人影像 10 亿+ 图蛋白代谢组约 30 PB503,317 名去标识英国志愿者（40-69 岁基线招募，含纵向随访与 EHR 链接）

50 万英国人的 30 PB 生命蓝本：全基因组测序 + 十万人影像 + 全程 EHR 链接

https://www.ukbiobank.ac.uk/ 64

基因组学与多组学药物发现与化学代谢组学化学信息学

HMDB — 人类代谢组全景参考库

253,245 条代谢物273 万张谱图61 种生物样本657 种疾病关联CC BY-NC 4.0 开放下载非患者队列：253,245 条代谢物条目（截至 2026-09，含预测/预期层级）

22 万+ 条代谢物、273 万张谱图的全球最大人类代谢组参考库

University of Alberta（阿尔伯塔大学）Wishart 团队 / The Metabolomics Innovation Centre（TMIC） url: https://hmdb.ca/ 116

医学影像图像分类眼科影像

OCT2017 — Kermany 视网膜 OCT 分类

84,484 张 OCT B 扫描4 类视网膜病变标签约 5.81GB JPEG患者级训练-测试划分数千名受检者（官方按患者级划分，未单独披露确切人数）

84,484 张标注 SD-OCT B 扫描，4 类视网膜病变，Kermany 2018 Cell 开源经典

University of California San Diego（Shiley Eye Institute）等 5 家机构 url: https://data.mendeley.com/datasets/rscbjbr9sj/2 98

生理信号睡眠信号时序数据目标检测

CinC 2018 睡眠觉醒 — 从 PSG 检测睡眠微觉醒

266.6GB WFDB 信号1,983 例整夜 PSG13 通道 200HzODC-BY 1.0 开放获取1,983 名受试者（训练 994 + 测试 989）

1,983 例整夜 PSG，13 通道信号，逐样本觉醒标注

PhysioNet / Computing in Cardiology Challenge 2018（数据由 MGH 睡眠实验室贡献） url: https://physionet.org/content/challenge-2018/1.0.0/ 95

医学影像眼科影像医学图像分割皮肤影像青光眼骨骼肌肉影像

DRISHTI-GS — 青光眼视盘/视杯分割基准

101 幅眼底照像2896×1944 PNG4 名专家软标注 + CDR约 1.16 GB（镜像）免费非商业申请获取101 幅眼底照像（单眼为单位，患者级数量未单独披露）

101 幅眼底照像 · 4 名专家软标注的视盘/视杯分割基准

IIIT Hyderabad（CVIT / MIP 组）与 Aravind Eye Hospital, Madurai url: http://cvit.iiit.ac.in/projects/mip/drishti-gs/mip-dataset2/Home.php 58

电子健康记录卫生服务研究临床电子病历调查数据重症监护

HCUP-NEDS — 全美急诊样本

约 3,000 万+ 就诊年（未加权）加权估计 1.4 亿+ 就诊年2006–2023 数据年每数据年 1,000 美元CSV + SASStata 装载程序每年约 3,000 万+ 急诊就诊（就诊级记录，非患者级）

全美最大急诊就诊抽样库：每年 3,000 万+ 就诊

Agency for Healthcare Research and Quality (AHRQ) — Healthcare Cost and Utilization Project (HCUP) url: https://www.hcup-us.ahrq.gov/nedsoverview.jsp 69

电子健康记录卫生服务研究医保理赔

HCUP-NIS — 全美住院样本

每年约 700 万条出院记录36 个数据年（1988-2023）加权代表 3,300 万+ 次住院约 760-1,033 MB 压缩 ASCII年付费购买 + DUA 签署获取每年约 700 万名出院患者样本（2023 年 6,743,716 条记录）

全美最大 all-payer 住院出院样本，年约 700 万记录加权代表 3,300 万+ 住院

AHRQ Healthcare Cost and Utilization Project (HCUP) url: https://hcup-us.ahrq.gov/db/nation/nis/ 76

医学影像乳腺影像医学图像分割图像分类乳腺癌

BUSI — 乳腺超声三分类与病灶分割

780 张超声图像600 名女性患者约 266MB PNG免费开放获取含病灶分割掩膜600 名女性患者

780 张乳腺超声图像 · 600 名患者 · 像素级病灶掩膜

开罗大学计算机与人工智能学院 url: https://www.scholar.cu.edu.eg/?q=afahmy/pages/dataset 117

基因组学与多组学医疗NLP临床文本医学问答图像分类转录组

MTSamples — 医学转录文本基准语料

4,999 份转录报告40 个科室弱标签17.01 MB CSVCC0 公有领域4,999 份报告（无患者标识，患者人数不可统计）

4,999 份去标识医学转录文本，40 个科室弱标签的临床 NLP 基准语料

Kaggle（发布者 Tara Boyle，上游来源 mtsamples.com / MTHelpLine） url: https://www.kaggle.com/datasets/tboyle10/medicaltranscriptions 86

医学影像CTX光影像图像分类

BRAX — 巴西标记胸片数据集

40,967 张胸片图像24,959 个影像检查19,351 名患者14 类 CheXpert 标签DICOM + PNG 双格式凭证认证获取19,351 名患者

40,967 张圣保罗胸片，14 类 NLP 自动标注，南美泛化测试基准

PhysioNet（发布方：Hospital Israelita Albert Einstein） url: https://physionet.org/content/brax/1.1.0/ 82

基因组学与多组学公共卫生与流行病学

AlphaMissense 错义变异致病性预测

7100 万错义变异2.16 亿氨基酸替换89% 变异分类CC BY 4.0AlphaFold 系方法不适用（预测模型输出目录；无人类患者数据）

7,100 万错义变异 · 2.16 亿氨基酸替换 · 89% 变异被分类：AlphaFold 系方法把全蛋白组变异解释变成可计算问题

https://github.com/google-deepmind/alphamissense 51

基因组学与多组学变异与注释测序数据罕见病

ClinGen — 基因-疾病临床有效性策展知识库

2,945 个独特策展基因2,420 个基因-疾病有效性断言5,161 个变异致病性分类CC0 1.0 开放许可CSVTSV 下载 + REST API不适用（专家策展知识库，非患者队列数据）

NIH 权威基因-疾病临床有效性策展库，覆盖 2,900+ 基因

ClinGen Consortium（NIH/NHGRI 资助） url: https://clinicalgenome.org/ 55

定制数据集服务

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