即取即用的 AI-Ready 医疗数据集库

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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 785 个数据集

医学图像分割蛋白质组学神经科学评测基准多模态

EMPIAR — 电镜公共图像档案：冷冻电镜原始图像的全球总库

影像数据原始数据公开数据不适用（原始图像档案，非患者队列；条目为实验/沉积单元，含分子/病毒/细胞尺度）

Electron Microscopy Public Image Archive 收录单颗粒冷冻电镜原始帧、电子断层倾斜系列、体积电镜与 X 射线断层三维数据集，2026 年累计 3,196 条、9.42 PiB，EMBL-EBI 运营、CC0 公共领域奉献、REST API 免认证开放，与 EMDB 三维图谱、PDB 原子坐标构成三方协作归档体系

全球冷冻电镜实验室沉积的原始图像与三维数据集（单颗粒/断层/体积 EM/X 射线断层），经 EMBL-EBI 策展后公开（EMPIAR-##### accessions，DOI 10.6019/EMPIAR-#####） 27

医学图像分割目标检测挑战赛数据集评测基准蛋白质组学多模态

CZ CryoET Data Portal — 冷冻电子断层扫描标准化注释门户

影像数据原始数据人工标注预训练数据不适用（非患者数据；为细胞/大分子结构成像数据）

Chan Zuckerberg 影像研究所（CZ Imaging Institute）构建的 cryo-ET ML-ready 门户——以统一 schema 与云优化 OME-Zarr 格式聚合标准化三维细胞断层数据，五级实体（Deposition/Dataset/Run/Tomogram/Annotation）配 CC0 开放许可，为分割、粒子挑选与亚断层平均算法提供跨库训练与基准底座

CZ Imaging Institute 运营的 cryoET 标准化数据门户：90 个 Deposition（2026-10 实抓），涵盖数百 Dataset 与数万 Tomogram，示例 deposition CZCDP-10318 即含 27,388 tomograms / 25,210 annotations；含倾斜系列（tilt series）、重建断层图（tomogram）、大分子与细胞器注释；文件以 MRC 与云优化 OME-Zarr 提供 21

病理图像图像分类医学图像分割多模态评测基准肿瘤学

COBRA — 基底细胞癌及多样皮肤恶性肿瘤全切片病理数据集

人工标注影像数据原始数据文本数据官方称 6,000+ 张 WSI（AWS 页写 7,000+；相关论文口径 5,147 slides / 4,066 patients，2016-2020 采集）——多口径并存，详见正文 §2 与存照

Radboudumc 出品的皮肤病理全切片图像（WSI）数据集：BCC 活检 + 非 BCC 多样病变 + 带像素级标注的切除标本，配荷兰语病理报告与 PRISM 基础模型嵌入，兼顾分类、分割、OOD 检测与视觉语言研究

Radboudumc 皮肤病理全切片图像（3DHistech Pannoramic 1000 扫描，原始 0.24 µm/px，发布版重采样至 0.5 µm/px，pyramidal TIFF，256×256 tile，RGB 8-bit）+ 切片级诊断标签 + 切除标本 GeoJSON/TIFF 像素级标注 + 荷兰语病理结论 + PRISM 基础模型切片级/tile 级嵌入 + 匿名患者元数据 26

医学影像X光影像目标检测骨骼肌肉影像心血管疾病

CCK / VHSMarker — 犬类胸片心脏关键点与椎体心脏评分基准

人工标注影像数据关键点标注21,465 张侧位胸片；12,385 只犬；144 个品种 + 混种犬另计

21,465 张犬侧位胸片、12,385 只犬、144 品种的六点心脏关键点标注集——配套 10-12 秒/图标注工具 VHSMarker 与状态空间基线 MambaVHS（91.8%），把兽医胸片的心大评估从人工卡尺推向可复现基准

犬类胸椎侧位 X 光片（lateral thoracic radiographs）+ 每张 6 个心脏关键点坐标标注；Zenodo 托管，JSON/CSV/.mat 三格式，22.2 GB 31

基因组学与多组学转录组单细胞基因组学病理图像评测基准肿瘤学

Spatial Touchstone — 影像型空间转录组学界首个标准化评测与重现性基准

原始数据影像数据人工标注203 个空间 profile（公共 PUB 127 + ST 自产 76）；ST 自产来自 6 种组织、3 个全球站点、Xenium+CosMx 双平台全切扫描；约 800 万+细胞（FFPE）；配

St. Jude 牵头·三站点双平台（Xenium+CosMx SMI）跨机构重复实验，FFPE 六组织 203 个空间 profile（公共 127+自产 76）、800 万+细胞，配套 SpatialQM 软件与 Spatial Touchstone Portal 在线质控门户，把「先跑一遍看质量」变成空间生物学开工前的标准动作

10x Genomics Xenium（Multi-Tissue and Cancer Panel 377 基因 / Human Breast Panel 380 基因）与 Bruker CosMx SMI（Human Universal Cell Characterization RNA Panel 950 基因 + 50-target add-on）的 FFPE 全切扫描数据；NanoString 64-plex 蛋白 panel；同组织 snRNA-seq(snPATHO-seq) 参考谱 30

医学影像X光影像目标检测评测基准

CariesXrays — 首个公开发布的医院级全景牙科 X 光龋齿检测基准（6000 张 / 13778 实例）

人工标注影像数据原始数据5,380 名患者（6,000 张全景片；训练 4,800 / 测试 1,200）

华南师范大学与哈工大（深圳）团队 2024 年发表于 AAAI-24 AI for Social Impact 赛道的全景牙科 X 光龋齿检测数据集：6,000 张全景片、5,380 名患者、13,778（摘要口径 13,783）个经至少 3 名牙科专业人员复核的龋齿包围盒，是作者自述的首个公开自动化龋齿诊断数据集

临床环境采集的全景牙科 X 光片，经伪影/畸变/摆位筛查后统一 resize 至 1333×800 位图，由至少 3 名牙科专业人员以包围盒标注龋齿，经 GitHub（代码）与 Google Drive（数据）公开 54