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医学影像 AI-Ready 数据集

CT MRI 病理 X光

电子病历与文本数据集

电子病历病历文本

病灶分割与标注数据集

病灶分割数据标注

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图像分类目标检测语义分割

共 759 个数据集

医疗NLP生物医学文献关系抽取药物-靶点相互作用药物发现与化学挑战赛数据集

ChemProt — BioCreative VI 化学-蛋白关系抽取语料

文本关系标注实体标注多类分类公共领域英文挑战赛0

2,432 篇 PubMed 摘要、10 类 CPR 关系、Public Domain 的生物医学关系抽取挑战赛金标准

BioCreative VI Chemical-Protein interaction corpus (ChemProt), Track 5, 2017; mirrored by BigBio on HuggingFace (bigbio/chemprot) 35

医学影像X光影像医学图像分割图像分类目标检测

A Multi-center Dental Panoramic Radiography Image Dataset — 中国三中心 6536 张全景片阻生牙/牙周炎/龋齿分割与分类基准

6,536 张全景片NIFTI 分割掩码非商用+引用GitHub百度云获取6,536 张全景片（宁夏医科大学总医院口腔医院 4,940 + 银川市人民医院 716 + 深圳某医院 880）；患者级数量未披露

宁夏医科大学总医院牵头、中国三中心 6536 张口腔全景片（OPG）的阻生牙/牙周炎/龋齿像素级分割与图像级分类多中心基准，含跨中心泛化评测与五个分割网络对照

中国三中心口腔全景 X 光片（OPG）：DICOM 经 DICOM Converter 转为 NIFTI 格式，由 4 名资深牙医用 ITK-SNAP 手工标注阻生牙轮廓、牙周炎骨吸收位置与龋区；含分割掩码、图像级疾病标签与跨中心测试集划分 56

医学影像皮肤影像皮肤癌

BCN20000 — 皮肤镜野外病变分类基准

18,946 张 1024×1024 皮肤镜 JPEG5,583 个皮损8 类诊断 + OOD 测试类CC BY 4.0 开放下载年龄性别部位日期元数据5,583 个皮损（18,946 张图像；未提供患者级标识）

18,946 张野外皮肤镜图像 / 5,583 个皮损 / 8 类诊断 + OOD 测试类

Hospital Clínic de Barcelona — Melanoma Unit, Department of Dermatology url: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.24140028 67

医学影像病理图像医学图像分割肿瘤学

PESO — 前列腺病理上皮分割

约 138.2 GB TIFF 全片102 张 H&E WSI160 个测试区域CC BY-NC-SA 4.0Zenodo 公开下载约 102 例前列腺切除标本（62 训练 + 40 测试 WSI）

102 张前列腺 H&E 全片，IHC 双染参考标准的上皮像素级分割基准

Radboud University Medical Center（Diagnostic Image Analysis Group） url: https://zenodo.org/records/1485967 31

药物发现与化学医学影像化学信息学虚拟筛选基因组学与多组学

JUMP Cell Painting — 化学与基因扰动形态学画像数据集

136,000 种扰动超 15 亿细胞 profile12 数据生成中心5 通道 Cell Painting超 250 TB体外 U2OS 细胞系（非患者数据）；pilot 含 A549

136,000 种化学与遗传扰动 · 12 中心 · 5 通道 Cell Painting · 超 15 亿细胞的世界最大公共药物发现影像资源

https://registry.opendata.aws/cellpainting-gallery/ 65

多模态医学影像医学问答与基准医疗NLP

GMAI-MMBench — 通用医疗多模态评测基准

284 源数据集约 26K 选择题38 模态 18 科室4 级感知粒度NeurIPS 2024 D&B题目源自 284 个脱敏医学数据集（公开 268 + 医院合作 16）

284 源数据集 · 38 模态 · 26K 选择题 · 4 级感知粒度的 LVLM 医疗能力标尺

https://huggingface.co/datasets/OpenGVLab/GMAI-MMBench 44

医学影像病理图像图像分类肿瘤学

PANDA — 前列腺癌 Gleason 分级挑战数据集

10,616 张穿刺活检 WSIISUP 0-5 + 像素级 mask双中心 383 GBCC BY-NC-SA 4.0约 1.1 万例前列腺穿刺活检（回顾性、脱敏）；slide 级分析

10,616 张穿刺活检 WSI、ISUP 0-5 六级、双中心像素级 mask 的病理 AI 基准

https://www.kaggle.com/competitions/prostate-cancer-grade-assessment 60

医学影像CTMRIPET肿瘤学

影像数据公地 IDC — NCI 云端肿瘤影像公地

99.27 TB DICOM176 个集合85,682 例病例约 103 万图像序列免注册开放获取85,682 例病例（截至 2026-04，Data Release 24.0）

NCI 云端 DICOM 肿瘤影像库 · 176 集合 99.27 TB · 8.5 万余例病例

美国国家癌症研究所（NCI） url: https://portal.imaging.datacommons.cancer.gov/ 62

医学影像乳腺影像X光影像图像分类乳腺癌

CMMD — 中国乳腺钼靶良恶性分类

5,202 幅 DICOM 图像1,775 名患者22.86 GB 影像CC BY 4.0 开放获取活检病理证实标注1,775 名患者

1,775 名患者 5,202 幅钼靶图像，活检证实良恶性与分子亚型标注

The Cancer Imaging Archive（TCIA） url: https://www.cancerimagingarchive.net/collection/cmmd/ 47

基因组学与多组学单细胞基因组学医学影像病理图像肿瘤学

HuBMAP — 人体生物分子图谱计划

5,032 个数据集（2025-10）310 位捐献者22 种数据类型27 个器官大类CC BY 4.0 开放许可AnnDataOME-TIFF310 位捐献者（健康成人组织）

NIH 单细胞分辨率健康人体空间图谱 · 5,032 个数据集 · 310 位捐献者 · 27 个器官大类

NIH HuBMAP Consortium url: https://portal.hubmapconsortium.org/ 63

医学影像图像分类儿科

FETAL_PLANES_DB — 胎儿标准切面分类基准

约 2.1GB ZIP12,400 张超声切面1,792 名患者CC BY 4.0 开放获取6 类切面1,792 名孕妇

12,400 张二维超声标准切面 · 1,792 名患者 · 首个比肩人类技师的切面分类基准

BCNatal（巴塞罗那母胎与新生儿医学中心） url: https://zenodo.org/records/3904280 49

医学影像公共卫生与流行病学病理图像

NIH Malaria — 疟疾血涂片细胞图像

["27,558 张细胞图像""200 例患者""337 MB""PNG 单细胞裁剪""免费开放获取"]200 例患者（150 例恶性疟感染 + 50 例未感染）

2.7 万张薄血涂片单细胞图像 · 200 例患者 · 疟疾自动诊断奠基基准

name: "U.S. National Library of Medicine, Lister Hill National Center for Biomedical Communications (LHNCBC)" url: "https://lhncbc.nlm.nih.gov/LHC-research/LHC-projects/image-processing/malaria-datasheet.html" 58

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