JDM PBMCs 的 CITEseq 数据集

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/c672834e-c3e3-49cb-81a5-4c844be4a975

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

幼年型皮肌炎（JDM）是几种儿童期起病的自身免疫性疾病之一，其特征为I型干扰素反应和自身抗体。由于对疾病如何从免疫系统中失调的细胞状态产生尚不完全了解，治疗选择有限。因此，我们采用单细胞转录组学结合表面蛋白表达，研究了不同疾病活动阶段的JDM患者血液。通过对外周血单个核细胞进行免疫表型分析，我们观察到B细胞区室向未成熟初始状态的偏移是JDM诊断时的标志。此外，我们发现这些B细胞变化与提示Th2介导炎症的T细胞特征并行，且这些特征在疾病静止期仍持续存在。我们应用网络分析揭示，所有免疫群体中I型干扰素反应的过度激活与先前被掩盖的细胞状态相协调，包括CD4+ T细胞中功能失调的蛋白质加工以及NK、CD8+ T细胞和gdT细胞中细胞死亡程序的调控。

这些发现共同揭示了幼年型皮肌炎背后协调一致的免疫失调，并为恢复免疫功能平衡的策略提供了见解。疾病：幼年型皮肌炎，正常。组织：血液。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。