瘢痕疙瘩疾病中的共生微生物群失调

该数据集包含来自瘢痕疙瘩患者的16S rDNA测序数据(包括表面拭子和深层组织样本)以及批量RNA测序数据(涉及IL-8和TGF-β处理的人真皮成纤维细胞),数据模态涵盖基因测序原始文件和转录组数据,主要用于研究皮肤纤维化疾病中共生微生物群的失调及其与疾病病理的关联,为探索微生物靶向干预策略提供基础。

DataONE
2024-07-16 更新
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微生物群失调皮肤纤维化

基本信息

创建/更新时间
2024-07-16

资源简介

该数据集聚焦于瘢痕疙瘩(一种典型的难治性皮肤纤维化疾病),旨在探究共生微生物群与瘢痕组织之间的关联。数据集主要包含两类数据:一是通过16S rRNA测序获取的微生物组数据,包括从患者瘢痕疙瘩表面及邻近正常皮肤表面采集的拭子样本(12对配对样本),以及从手术切除的瘢痕疙瘩组织及其边缘正常组织中获取的深层组织样本(5例患者);二是批量RNA测序数据,涉及用IL-8和TGF-β处理的人真皮成纤维细胞的转录组数据。数据来源于临床样本采集,采用Illumina Novaseq平台进行测序,并附有用于分析的R脚本。该数据集为研究人类纤维化疾病的病理机制提供了重要资源,尤其关注共生细菌及IL-8信号通路在瘢痕疙瘩复发干预中的潜在靶点价值。

原始链接

https://search.dataone.org/view/sha256:c09081eab6ba8543c6ebc38b8752c4348ae93f0b9a50ec54a3f0cd9e1aab8549

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      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集聚焦于瘢痕疙瘩(一种典型的难治性皮肤纤维化疾病),旨在探究共生微生物群与瘢痕组织之间的关联。数据集主要包含两类数据:一是通过16S rRNA测序获取的微生物组数据,包括从患者瘢痕疙瘩表面及邻近正常皮肤表面采集的拭子样本(12对配对样本),以及从手术切除的瘢痕疙瘩组织及其边缘正常组织中获取的深层组织样本(5例患者);二是批量RNA测序数据,涉及用IL-8和TGF-β处理的人真皮成纤维细胞的转录组数据。数据来源于临床样本采集,采用Illumina Novaseq平台进行测序,并附有用于分析的R脚本。该数据集为研究人类纤维化疾病的病理机制提供了重要资源,尤其关注共生细菌及IL-8信号通路在瘢痕疙瘩复发干预中的潜在靶点价值。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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