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创建/更新时间

2026-10-07

资源简介

GNPS - CMI LAMI 皮肤痤疮代谢组学数据集

GNPS - CMI LAMI Skin Acne Metabolomics 是一个面向痤疮研究的皮肤代谢组学数据集，归属于皮肤与结缔组织疾病方向。该数据集来源于 omicsdi.org，采集对象为痤疮队列的人体皮肤拭子样本，采用非靶向液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）技术进行代谢物检测，仪器平台为 Vanquish UHPLC 系统与 Q-Exactive Hybrid Quadrupole-Orbitrap 高分辨质谱联用。数据集的主题标签为 Metabolomics，整体定位于通过代谢组学手段刻画痤疮相关皮肤样本的代谢物组成，为探索痤疮相关皮肤代谢物特征、开展代谢谱分析以及潜在生物标志物发现等研究提供数据基础。

【数据集背景】

痤疮是一种常见的皮肤与结缔组织疾病，其发生发展涉及皮脂分泌、毛囊角化、微生物定植及局部炎症等多方面因素。从代谢组学角度切入，有助于在分子层面观察皮肤表面代谢物的组成与变化，从而补充对痤疮病理过程的理解。该数据集正是在这一背景下产生，聚焦痤疮队列的皮肤样本，属于皮肤与结缔组织疾病分类下的痤疮方向，并以代谢组学作为核心主题标签。

【数据内容】

该数据集的内容为人体皮肤拭子样本的代谢组学数据。样本来自痤疮队列，检测方式为非靶向 LC-MS/MS 采集。非靶向策略意味着检测不局限于预设的特定代谢物列表，而是尽可能广泛地获取样本中的代谢物信号，因此数据可用于后续的代谢谱分析与差异代谢物筛选。数据集的主题标签为 Metabolomics，表明其核心数据类型属于代谢组学范畴。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、分组设计、代谢物鉴定数量等更细粒度的内容。

【采集与来源】

数据采集使用 Vanquish UHPLC 系统与 Q-Exactive Hybrid Quadrupole-Orbitrap 质谱仪联用，采集模式为非靶向 LC-MS/MS。样本类型为人体皮肤拭子，来源于痤疮队列。数据集的来源站为 omicsdi.org。关于采样部位的具体选择、采样时间点、受试者纳入与排除标准、样本处理与保存流程等信息，源站未提供。

【适用场景】

基于其代谢组学属性与痤疮方向定位，该数据集可用于探索痤疮相关皮肤代谢物特征，开展代谢谱分析，以及进行潜在生物标志物发现等研究。由于采用非靶向 LC-MS/MS 采集，数据适合用于从整体代谢层面观察样本间的代谢差异，并可为后续靶向验证或机制研究提供线索。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供进一步说明。

【使用方法】

该数据集以代谢组学数据形式提供，使用时可结合非靶向 LC-MS/MS 数据的一般分析流程进行处理，例如代谢物特征提取、峰对齐、归一化、统计分析以及差异代谢物筛选等。由于数据来自痤疮队列的皮肤拭子样本，分析时可将样本的队列属性作为分组或协变量纳入考虑。关于数据的具体文件格式、下载方式、是否附带元数据表或分析脚本等信息，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集采用 Q-Exactive Hybrid Quadrupole-Orbitrap 高分辨质谱进行非靶向 LC-MS/MS 采集，具备代谢组学数据的一般技术特征。但其样本量、队列构成、重复性、缺失值比例、代谢物鉴定置信度等质量相关信息，源站未提供。此外，皮肤拭子样本的采集与处理细节亦未说明，可能影响数据的可比性与可重复性评估。因此，在使用该数据集时，应结合源站提供的原始信息自行评估其适用范围与局限性。

【引用与许可】

该数据集来源于 omicsdi.org，英文名称为 GNPS - CMI LAMI Skin Acne Metabolomics。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款及授权范围等信息，源站未提供。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/gnps/MSV000091697

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暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/gnps/MSV000091697

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Human skin-swab samples from acne cohort. Untargeted LC-MS/MS acquisition was performed on a Vanquish UHPLC system coupled to a Q-Exactive Hybrid Quadrupole-Orbitrap.

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别