洞悉宫颈癌进展中阴道微生物组、代谢组与宿主基因表达的复杂相互作用

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/metabolights_dataset/MTBLS10477

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在揭示宫颈癌发生过程中阴道微生物组组成、代谢改变和基因表达变化之间的关系。对健康组（Z组）、流产组（AB组）、HPV感染组（HP组）和宫颈癌组（CC组）进行了多组学分析，并采用qRT-PCR和细胞毒性试验进行验证。CC组阴道群落多样性最高，乳杆菌减少，厌氧菌增加。在HP组中，双歧杆菌目是明显的标志物。代谢组学分析揭示了脂质代谢通路的变化，AB组和HP组的代谢通路相似。乳酸和α-亚麻酸与厌氧球菌属和卟啉单胞菌属呈负相关。HPV感染时有8个上调基因。CC组中的关键上调基因包括CCL2、CDKN1A和IRF1，它们与α-亚麻酸水平呈负相关。这些独特的微生物和代谢物模式可能有助于宫颈癌的诊断和治疗。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。