PRJNA1331574：病毒来源siRNA介导抑制猪PRRSV复制 [Marc-145]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE308671

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）是由猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）引起的一种高度接触性传染病。临床表现为不同年龄段猪出现发热、出血和呼吸道症状，以及繁殖障碍，给全球养猪业造成巨大经济损失。RNA干扰（RNAi）是一种高度保守的介导转录后基因沉默的机制，通过切割病毒双链RNA产生病毒来源的小干扰RNA（vsiRNA）发挥抗病毒作用。vsiRNA介导的抗病毒免疫在植物和无脊椎动物中广泛存在，而在哺乳动物中，研究主要集中于通过递送siRNA降低猪体内PRRSV病毒载量。因此，本研究主要选择PRRSV毒株（LY和LY-R）作为病毒模型，分别感染PAM和Marc-145细胞。随后进行miRNA和vsiRNA分析，生物信息学分析揭示PRRSV感染后存在多个差异表达miRNA。进一步富集分析表明，这些miRNA主要富集于代谢、内吞和磷酸化信号通路。

此外，在感染PRRSV-LY的Marc-145细胞中，检测到PRRSV-N基因组内存在高丰度的vsiRNA。将N-vsiRNA插入载体psilencer4.1中构建PS-N质粒，该质粒能够在Marc-145细胞中发挥抗PRRSV（LY、LY-R和NADC30-like）活性。最后，将PS-N质粒与PLGA-PEI配制形成纳米颗粒混合物，通过肌肉注射递送至猪体内，在一定程度上减轻了PRRSV-LY感染引起的组织损伤。综上所述，猪RNAi系统及病毒切割产生的vsiRNA在抑制病毒复制中发挥关键作用。这进一步证明了基于vsiRNA的抗病毒策略的可行性，并为多种RNA病毒的防控提供了参考。总体设计：针对Marc-145细胞实验

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。