猪胚胎干细胞多维条件下体外诱导中脑多巴胺能神经元的bulkRNA-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE296088

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在大型动物模型中生成与人类相关的多巴胺能（DA）神经元，对转化神经科学和再生医学具有重大前景。在此，我们建立了一套稳健的方案，可从猪胚胎干细胞（pESCs）诱导尾侧腹侧中脑（VM）命运，并生成功能性中脑DA（mDA）神经元和猪中脑样类器官（pMLOs）。对GSK3抑制和SHH信号通路的优化揭示了诱导猪VM祖细胞所需的物种特异性要求，包括与人类细胞相比更高的敏感性阈值。单细胞和批量转录组分析表明，mDA神经元逐步发生谱系特化和功能成熟，且IVF来源的pESCs比PA来源的细胞表现出更优的分化潜能。此外，3D分化导致形成均一的神经上皮结构，并增强了电生理活动和多巴胺释放。值得注意的是，多巴胺能标志物出现在多个神经元簇中，反映了高分辨率单细胞RNA测序所捕获的身份获得的连续过程。

与体内转基因猪模型相比，该平台能够快速、可扩展且更符合伦理地研究中脑发育和多巴胺神经元生物学。这些发现使猪源类器官成为在大动物背景下模拟人类神经发育和疾病的有力工具。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。