慢性阻塞性肺疾病气道微生物-宿主相互作用的多组学全景

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/metabolights_dataset/MTBLS4017

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

气道微生物组在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的机制作用在很大程度上仍未被探索。我们通过对99例COPD患者和36名健康个体的痰液宏基因组、代谢组、宿主转录组和蛋白质组进行深入分析，呈现了COPD中气道微生物-宿主相互作用的全景图谱。多组学数据通过序贯中介分析进行整合，以评估微生物组与中性粒细胞性或嗜酸性粒细胞性炎症（COPD的两种主要炎症内型）之间的计算机模拟关联，这些关联通过微生物代谢与宿主基因表达的相互作用所介导。利用微生物遗传信息和已建立的代谢物-人类基因配对，识别了微生物组-代谢物-宿主相互作用的机制联系。中性粒细胞为主型COPD中最强的联系是由气道乳杆菌驱动的色氨酸代谢改变，导致吲哚-3-乙酸（IAA）减少，进而与宿主IL-22信号通路和上皮细胞凋亡通路的紊乱相关联。

体内和体外研究表明，气道微生物组来源的IAA通过IL-22介导的巨噬细胞-上皮细胞串扰，减轻中性粒细胞性炎症、细胞凋亡、肺气肿及肺功能下降。经鼻接种两种气道乳杆菌可恢复IAA水平，并在小鼠中重现其保护作用。这些发现为靶向微生物-宿主相互作用治疗COPD提供了理论依据。关联研究：本研究报告了原始队列人体样本的UPLC-MS/MS检测结果。更新队列人体样本的UPLC-MS/MS检测结果报告于MTBLS5423。更新小鼠样本的UPLC-MS/MS检测结果报告于MTBLS6894。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。