原代肺细胞类型长读长RNA测序揭示无义介导降解原理
该数据集为一项原代人类肺细胞类型长读长RNA测序研究的源数据，包含论文全部分析所读取的已处理量化、注释与模型输出。研究设计为四种原代人类肺细胞类型（AT2、LAE、FB、MV）在SMG1抑制剂（SMG1i）与溶剂对照（DMSO）下的配对短读长与PacBio Iso-Seq长读长RNA测序，共26个样
基本信息
资源简介
原代肺细胞类型长读长RNA测序揭示无义介导降解原理
Long Read RNA Sequencing in Primary Lung Cell Types Reveals Principles of Nonsense-Mediated Decay
该数据集为一项原代人类肺细胞类型长读长RNA测序研究的源数据，包含论文全部分析所读取的已处理量化、注释与模型输出。研究设计为四种原代人类肺细胞类型（AT2、LAE、FB、MV）在SMG1抑制剂（SMG1i）与溶剂对照（DMSO）下的配对短读长与PacBio Iso-Seq长读长RNA测序，共26个样本、13对供体匹配的DMSO/SMG1i配对。数据可用于无义介导降解（NMD）与可变剪接、异构体分析等转录组学研究（来源 Zenodo，cc-by-4.0 许可）。
【数据集背景】
源站首次发布：2026-08-12。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：来源数据用于：原代肺细胞类型中的长读长RNA测序揭示无义介导降解原理。本记录包含论文中每个分析的起始数据：分析代码读取但无法重新生成的已处理量化、注释和模型输出。此处没有任何代码也会写入的中间文件——这些中间文件按设计由这些文件重建。设计。四种原代人类肺细胞类型——肺泡2型（AT2）、大氣道上皮（LAE）、成纤维细胞（FB）和微血管内皮（MV）——在SMG1抑制（SMG1i）与溶剂对照（DMSO）下的配对短读长和PacBio Iso-Seq长读长RNA测序。26个样本：13对供体匹配的DMSO/SMG1i配对。细胞类型标签全程使用已发表的标签（AT2、LAE、FB、MV）。一些分析代码分别使用内部代码AT和DD表示AT2和LAE，并在加载时映射它们
【数据结构与技术规格】
文件数 17 个，合计 17.63 GB。数据集 DOI：10.5281/zenodo.21895840。
【主题与分类】
主题标签：nonsense-mediated decay、NMD、long-read RNA sequencing、PacBio Iso-Seq、isoform、alternative splicing、lung、SMG1、transcriptomics、source data。本站分类：呼吸系统疾病。
【获取与许可】
源站页面：https://zenodo.org/records/21895840
使用许可：cc-by-4.0。
【使用注意】
· 源站最后修改于 2026-08-15，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取（Zenodo 公开直链）
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curl -L -o "MANIFEST.sha256" "https://zenodo.org/api/records/21895840/files/MANIFEST.sha256/content"
curl -L -o "annotation.zip" "https://zenodo.org/api/records/21895840/files/annotation.zip/content"
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curl -L -o "isopair.zip" "https://zenodo.org/api/records/21895840/files/isopair.zip/content"
curl -L -o "nmd_isocall_4ct.gtf.gz" "https://zenodo.org/api/records/21895840/files/nmd_isocall_4ct.gtf.gz/content"
文件清单
UPLOAD_MANIFEST.sha256（0.0 MB）model.zip（6.8 MB）MANIFEST.sha256（0.0 MB）annotation.zip（6.9 MB）encode_rbp_roster_vannostrand2020.csv（0.1 MB）gerstberger_2014_rbp_census.csv（0.1 MB）isopair.zip（20.2 MB）nmd_isocall_4ct.gtf.gz（40.8 MB）nmd_isocall_counts_4ct.csv（46.6 MB）nmd_lungcells_counts_4ct.csv（46.6 MB）pheno_4ct.csv（0.0 MB）salmon_gene_counts_4ct.csv（14.8 MB）sqanti.zip（332.5 MB）tan_2025_supplementary.zip（147.2 MB）nmd_1.3.sif（7730.7 MB）nmd_docker_1.0_2026-08-13_verified.tar（8422.1 MB）README.md（0.0 MB）
数据集大小约 17.63 GB。
数据说明
用于以下研究的源数据：原代肺细胞类型中的长读长RNA测序揭示无义介导衰变原理 本记录包含论文中每项分析的起始数据：分析代码读取但无法重新生成的处理后定量、注释和模型输出。此处不包含代码同时写入的中间文件——按设计，这些中间文件由这些文件重建。设计。对四种原代人肺细胞类型——肺泡2型（AT2）、大气道上皮（LAE）、成纤维细胞（FB）和微血管内皮（MV）——在SMG1抑制（SMG1i）与载体（DMSO）条件下进行配对短读长和PacBio Iso-Seq长读长RNA测序。26个样本：13对供体匹配的DMSO/SMG1i。细胞类型标签全程使用已发表的标签（AT2、LAE、FB、MV）。部分分析代码分别使用内部代码AT和DD表示AT2和LAE，并在加载时进行映射。记录打包方式 十七个文件，17.6 GB。此处大小为十进制（MB = 10⁶字节），与Zenodo显示一致。运行时环境占其中16.9 GB——nmd_1.3.sif（8.1 GB）及其构建所用的Docker归档（8.8 GB）。
它包含分析运行时所使用的 R 和 Python 版本——见下文“运行时环境”。仅数据本身（不含这两者）为 695 MB，所有分析输入都在该 695 MB 中。仅当你希望在其验证过的环境中运行代码时，才需要下载运行时。Zenodo 以平铺方式列出文件，五个目录以归档形式提供。分析代码将其 DEPOSIT 根解析为 <deposit>/source_data，因此请将十二个数据对象放在下一层，并将两个清单文件留在它们上一层：mkdir -p nmd_deposit_2026/source_data mv *.csv *.gtf.gz *.zip nmd_deposit_2026/source_data/ mv MANIFEST.sha256 UPLOAD_MANIFEST.sha256 nmd_deposit_2026/ cd nmd_deposit_2026/source_data && for z in *.zip; do unzip -q “$z” && rm “$z”; done 平铺解压、不带 source_data/，是唯一会静默失败的布局。每个路径都解析不到任何内容，接线检查会对 DEPOSIT、SQANTI、ISOCALL 和 ANNOT 报告 DOES NOT RESOLVE——这是实测结果，不是假设。MANIFEST.sha256 保留在 source_data/ 之上，因为其路径是相对于它而言的。按目录拆分
许可
cc-by-4.0
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
