猪肺泡巨噬细胞响应PRRSV或IFN-a不同时间点的mRNA和lncRNA转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE89331

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：我们采用下一代RNA测序技术及全面的生物信息学分析，旨在描绘不同时间点感染猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的猪肺泡巨噬细胞(PAMs)或受干扰素(IFN)刺激的PAMs的转录组特征，包括mRNA和长链非编码RNA(lncRNA)。结论：研究表明，PRRSV感染导致PAMs展现出不同的转录组图谱，PAMs功能异常可能通过转录组水平上关键基因的显著下调得以体现。此外，我们发现了大量差异表达的lncRNA，其中包括lncRNA XR_297549.1，该lncRNA高表达并预测能通过顺式和反式机制调控其邻近基因PTGS2。为进一步理解这些由IFN诱导的非编码转录本，尤其是长链非编码RNA(lncRNAs)，我们对分别经猪IFN-γ刺激6小时和12小时的猪肺泡巨噬细胞(PAMs)进行了下一代RNA测序及全面的生物信息学分析。

大量差异表达的mRNA和lncRNA被鉴定出来，其中若干lncRNA因其在调控已知抗病毒基因（如OAS1、PML和ISG15）中的潜在作用而备受关注，值得进一步研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。