臭氧耐受肺泡巨噬细胞的基因表达分析

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A7cb5ed8eb37f409b84f1d40b071583b515e581eddda2ab84a1c2208e43361e6e

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在本研究中，我们考察了重复暴露于空气污染物臭氧（O3）对肺泡巨噬细胞（AMs）转录组的影响。采用流式细胞术，我们从暴露于过滤空气或0.8 ppm O3四天、随后间隔2天收集的雌性C57BL6/NJ小鼠肺中分离出纯化的AMs，每组六只小鼠。从AMs中提取RNA，随后进行RNA-seq分析。我们进行了差异基因表达分析，并对差异表达基因进行了基因本体富集分析。使用流式细胞术从小鼠全肺组织中分离肺泡巨噬细胞。按照制造商说明，使用QIAGEN RNAeasy试剂盒从两批流式分选的AMs中提取总RNA。使用Agilent Bioanalyzer分析RNA完整性。RIN值为8.9-9.7，表明RNA完整。按照制造商说明，使用Roche Kapa mRNA链特异性文库制备试剂盒构建PolyA+ RNA文库。由UNC高通量测序中心在Illumina NovaSeq SP平台上进行双端测序（50个循环），每个样本测序深度超过5500万读对。

原始读段使用cutadapt（Martin, 2011）进行修剪并过滤去除接头污染，随后使用fastx_toolkit v0.0.14进一步过滤，要求至少90%的碱基质量分数不低于20。随后使用STAR v2.7.7a（Dobin等，2013）将读段比对到参考小鼠基因组（mm10）（补充表3）和GENCODE vM25转录本注释，……，# 对臭氧耐受的肺泡巨噬细胞的基因表达分析 https://doi.org/10.5061/dryad.pc866t1x9 此处数据集对应提交至《Toxicological Sciences》期刊的稿件中的补充表2-5，包括RNA-seq比对、差异基因表达分析以及差异表达基因的通路分析。## 数据和文件结构说明 * 补充

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。