人呼吸道转录组来源T细胞受体库比较分析

数据集获取

源站：https://doi.org/10.17632/mrchhxsgdt.2

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 326.2 MB。

数据说明

适应性免疫应答分布于人类呼吸道解剖学上不同的区域，然而跨这些区域对转录组来源的T细胞受体（TCR）库进行比较性表征仍然有限。在此，我们利用TRUST4从bulk RNA-seq中重建转录组来源的T细胞受体库，以比较外周血（n = 24）、支气管肺泡灌洗液（BAL；n = 55）和诱导痰（n = 100），样本来自一个特征明确的乌干达农村队列，该队列包含HIV感染和非HIV感染个体以及慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者。比较分析揭示了各解剖区域在productive TCR回收、克隆型丰富度、多样性及克隆型共享方面存在显著差异，尽管测序深度相当，诱导痰重建的克隆型数量少于BAL和外周血。相比之下，TRBV基因使用、CDR3长度分布、氨基酸组成及整体TRB序列空间组织则广泛保守。

这些发现共同为跨外周血和人类呼吸道的转录组衍生TCR库分析建立了一个比较参考框架。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。