儿童脑癌CPTAC/CHOP蛋白基因组数据
该数据集明确包含颅咽管瘤病例，覆盖WGS、RNA-seq、蛋白质组和临床信息，适合儿童颅咽管瘤分子机制和跨肿瘤比较研究。
基本信息
资源简介
儿童脑癌CPTAC/CHOP蛋白基因组数据
【一句话概览】
儿童脑癌蛋白质基因组学分析涵盖7种组织学类型共218个肿瘤，包括低级别胶质瘤93例、室管膜瘤32例、高级别胶质瘤25例、髓母细胞瘤22例、神经节胶质瘤18例、颅咽管瘤16例及非典型畸胎样横纹肌样瘤12例，整合全基因组测序、RNA测序及蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析。蛋白质组学数据揭示跨越组织学界限的共同生物学主题，提示某一组织学类型的治疗或可有效应用于具有相似蛋白质组学特征的其他肿瘤；免疫景观分析显示不同诊断间及诊断内肿瘤微环境多样；蛋白质组学还揭示体细胞突变和拷贝数变异的转录组学未显现的功能效应（来源 datacatalog.ccdi.cancer.gov）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Pediatric Brain Cancer CPTAC/CHOP》。
【数据内容】
源站原始描述：Integrated proteogenomic characterization across major histological types of pediatric brain cancer. We report a comprehensive proteogenomics analysis, including whole-genome sequencing, RNA sequencing, and proteomics and phosphoproteomics profiling, of 218 tumors across 7 histological types of childhood brain cancer: low-grade glioma (n = 93), ependymoma (32), high-grade glioma (25), medulloblastoma (22), ganglio-glioma (18), craniopharyngioma (16), and atypical teratoid rhabdoid tumor (12). Pr…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：儿童脑癌主要组织学类型的整合蛋白质基因组学特征。我们报告了一项全面的蛋白质基因组学分析，涵盖全基因组测序、RNA测序以及蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学图谱分析，涉及7种儿童脑癌组织学类型的218个肿瘤样本：低级别胶质瘤（n = 93）、室管膜瘤（32）、高级别胶质瘤（25）、髓母细胞瘤（22）、神经节胶质瘤（18）、颅咽管瘤（16）和非典型畸胎样横纹肌样瘤（12）。蛋白质组学数据揭示了跨越组织学边界的共同生物学主题，表明用于一种组织学类型的治疗方法可能有效应用于具有相似蛋白质组学特征的其他肿瘤。免疫景观特征分析揭示了不同诊断之间及同一诊断内部肿瘤微环境的多样性。蛋白质组学数据进一步揭示了体细胞突变和拷贝数变异（CNVs）的功能效应，这些在转录组学数据中并不明显。
【主题与分类】
主题标签：Pediatric Brain Cancer、Proteogenomics、Whole-Genome Sequencing、RNA Sequencing、Proteomics、Phosphoproteomics、Low-grade glioma、Ependymoma、High-grade glioma、Medulloblastoma。
【适用方向】
多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。
【获取与许可】
源站页面：https://datacatalog.ccdi.cancer.gov/dataset/cBioPortal-Brain_CPTAC
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://datacatalog.ccdi.cancer.gov/dataset/cBioPortal-Brain_CPTAC
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
儿童脑癌多组学数据，包含颅咽管瘤病例的基因组、转录组和蛋白组信息。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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