GNPS 儿童囊性纤维化样本

该数据集为 GNPS 儿童囊性纤维化样本,来源于 omicsdi.org,包含儿童囊性纤维化患者的口咽、皮肤、痰液和粪便拭子样本,主题标签为代谢组学

omicsdi
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其他Metabolomics
GNPS Pediatric CF samples

基本信息

模态
其他
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

GNPS 儿童囊性纤维化样本

GNPS Pediatric CF samples 是一个以代谢组学为主题的数据集,收录于 omicsdi.org,本站将其归入呼吸道疾病 / 囊性纤维化分类。该数据集汇集了来自儿童囊性纤维化患者的样本,样本类型包括口咽拭子、皮肤拭子、痰液拭子和粪便拭子,覆盖了呼吸道、皮肤与肠道等多个取样部位。作为 GNPS 相关的儿童囊性纤维化样本集合,它为研究这一人群在不同身体部位的代谢特征提供了样本层面的基础材料。以下从数据集背景、数据内容、采集与来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面进行介绍。

【数据集背景】

囊性纤维化是一种累及多系统的疾病,呼吸道是其典型受累部位之一,患者常伴随慢性呼吸道感染与炎症。儿童囊性纤维化患者由于年龄与疾病阶段的特殊性,其样本采集与研究具有独立的关注价值。该数据集以儿童囊性纤维化患者为对象,汇集多部位拭子样本,主题标签为代谢组学,说明其面向的是样本中代谢物层面的观测与分析。数据集英文名中的 GNPS 提示其与 GNPS 相关资源体系存在关联,本站分类将其置于呼吸道疾病 / 囊性纤维化之下,便于在呼吸系统疾病相关资源中检索与定位。

【数据内容】

该数据集的内容为儿童囊性纤维化患者的拭子样本集合,具体包括口咽拭子、皮肤拭子、痰液拭子和粪便拭子四类样本。口咽与痰液样本与呼吸道直接相关,皮肤拭子反映体表取样部位,粪便拭子则涉及肠道取样部位,四类样本共同构成了跨部位的多点采样集合。数据集的英文名称为 GNPS Pediatric CF samples,主题标签为代谢组学,表明其数据面向代谢组学分析。样本的具体数量、代谢物种类、检测平台参数、文件格式与数据规模等信息,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org,源站对其的描述为儿童囊性纤维化患者的口咽、皮肤、痰液和粪便拭子样本集合。样本的采集时间、采集地点、采集机构、受试者招募方式、伦理审批信息以及样本处理与保存流程等细节,源站未提供。数据集在 omicsdi.org 上的具体条目编号、版本信息与更新记录,源站未提供。

【适用场景】

基于其样本构成与代谢组学主题,该数据集可用于儿童囊性纤维化相关样本的代谢组学比较研究,例如在不同取样部位之间开展代谢特征的对照分析,或将其作为儿童囊性纤维化样本的参考材料用于方法学探索。由于样本涵盖口咽、皮肤、痰液与粪便多种类型,也适合用于跨部位样本处理与分析流程的考察。需要说明的是,该数据集是否适用于特定临床终点、生物标志物验证或纵向随访研究,源站未提供相应说明,使用时应以实际数据内容为准。

【使用方法】

该数据集通过 omicsdi.org 发布,使用者可经由该来源获取数据集条目信息。数据的具体下载方式、访问权限、文件组织方式、元数据字段说明以及配套的分析流程与工具,源站未提供。由于主题标签为代谢组学,使用时可结合代谢组学常规分析思路进行理解,但涉及该数据集的具体操作步骤与参数设置,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为儿童囊性纤维化患者的多部位拭子样本集合,样本类型明确,来源站点为 omicsdi.org。关于样本量、缺失情况、批次效应、质控指标、数据完整性以及可能的偏倚来源等质量相关信息,源站未提供。数据集仅覆盖儿童人群,是否可外推至成人或其他人群,源站未提供依据。使用者在开展分析前应自行评估数据适用性。

【引用与许可】

该数据集在 omicsdi.org 上发布,其引用方式、许可条款、使用限制与数据共享政策,源站未提供。使用或再分发前应向来源站点核实相关要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/gnps/MSV000082406

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

A collection of oropharyngeal, skin, sputum and fecal swabs from pediatric cystic fibrosis patients.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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