GNPS 3D WinCF 管

该数据集为 GNPS 3D WinCF Tubes,来源于 omicsdi.org,主题标签为代谢组学,本站归类于呼吸道疾病与囊性纤维化方向

omicsdi
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GNPS 3D WinCF Tubes

基本信息

模态
其他
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

GNPS 3D WinCF 管

GNPS 3D WinCF Tubes 是一个以代谢组学为主题的数据集,来源于 omicsdi.org,在分类上归属于呼吸道疾病与囊性纤维化方向。该数据集收录的是经氧梯度分区处理并施加抗生素的囊性纤维化痰液样本培养微生物群落集合,可用于围绕囊性纤维化气道微生物群落的代谢特征开展研究。整体而言,该数据集将囊性纤维化痰液来源的微生物培养体系与氧梯度、抗生素处理等实验条件结合,为探索呼吸道疾病相关微生物群落的代谢活动提供了数据基础,其主题标签为代谢组学,来源站为 omicsdi.org。

【数据集背景】

囊性纤维化是一种累及呼吸系统的疾病,患者气道内常存在复杂的微生物群落。该数据集聚焦于囊性纤维化痰液样本中的培养微生物群落,并在实验设计中引入氧梯度和抗生素处理两个关键因素,用以模拟或考察不同氧环境与抗生素压力下微生物群落的代谢表现。数据集英文名为 GNPS 3D WinCF Tubes,本站将其归类于呼吸道疾病与囊性纤维化方向,主题标签为代谢组学,来源站为 omicsdi.org。

【数据内容】

该数据集的内容为经氧梯度分区并接受抗生素处理的囊性纤维化痰液样本培养微生物群落集合。源站描述表明,这些微生物群落来自囊性纤维化痰液样本,经过氧梯度分区处理,并施加抗生素处理。数据集的主题标签为代谢组学,说明其数据内容围绕代谢组学展开。除上述信息外,源站未提供关于样本数量、具体菌种组成、代谢物种类或检测平台等更细化的内容。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org。其原始描述指出,数据采集对象为囊性纤维化痰液样本中的培养微生物群落,这些群落在实验过程中经过氧梯度分区,并接受抗生素处理。数据集的英文名称为 GNPS 3D WinCF Tubes。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及具体培养条件等细节,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签与来源描述,该数据集适用于代谢组学方向的研究场景,尤其是与囊性纤维化呼吸道微生物群落相关的代谢分析。由于数据涉及氧梯度分区与抗生素处理,可用于考察不同氧环境及抗生素压力下微生物群落代谢特征的研究场景。本站将其归类于呼吸道疾病与囊性纤维化方向,因此也适合作为该疾病领域相关研究的参考数据。除上述方向外,源站未提供其他具体适用场景的说明。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法,包括数据下载方式、文件格式、预处理流程或分析工具等信息。使用者需依据来源站 omicsdi.org 的公开说明自行获取与使用该数据集。

【质量与限制】

源站未提供关于该数据集质量评估、数据完整性、覆盖范围或已知限制的说明。由于缺乏样本数量、检测平台与代谢物鉴定结果等细节,无法对该数据集的质量与局限作出进一步判断。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用者在引用或再利用该数据集时,需自行查阅来源站 omicsdi.org 的相关说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/gnps/MSV000080397

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

A collection of cultured microbial communities from cystic fibrosis sputum samples sectioned through an oxygen gradient and treated with antibiotics.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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