MiR-155缺陷改变重症哮喘小鼠模型肺免疫细胞异质性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE203656

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肺是一个由40多种细胞群体组成的复杂组织。异质性肺细胞之间的相互作用是肺正常功能和长期维持肺稳态所必需的。由于每种细胞群体都具有独特的转录组，bulk RNA-seq可能掩盖肺中的细胞间串扰、细胞类型特异性贡献以及相关的网络变化。为克服bulk组织分析的局限性，我们进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq），以研究受miR-155影响的肺的转录谱。无监督聚类分析揭示了27个不同的聚类，对应于肺中不同的细胞类型，包括具有特定分子标志物的上皮、基质、内皮和白细胞谱系。接受重症哮喘模型的miR-155敲除小鼠显示肺部免疫细胞减少，而上皮细胞和内皮细胞等结构细胞的数量与其野生型对应物相比略有增加。

我们还发现，在重症哮喘模型中的miR-155敲除小鼠体内，细胞外诱捕网形成相关基因的转录产物显著下调。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。