成年小鼠Acta2+肺细胞单细胞RNA测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE203243

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

平滑肌细胞存在于体内许多不同的位置，包括血管和气道。平滑肌细胞的异质性与它们的胚胎起源有关，并可能对许多疾病产生影响，包括动脉粥样硬化、肺动脉高压和哮喘。在此，我们旨在研究小鼠肺中Acta2+细胞的异质性，并鉴定Acta2+亚群的特异性标志物。我们使用了包含Acta2hrGFP/Cspg4dsRed报告基因的小鼠品系，并对从成年小鼠肺中分离的Acta2+细胞进行了单细胞RNA测序。我们鉴定出3个主要的不同聚类，分别对应气道平滑肌（ASM）、血管平滑肌（VSM）和间充质肺泡微环境细胞（MANCs），并提取了每种细胞类型的特异性基因特征。我们的数据集和基因特征有助于阐明肺中Acta2+谱系的异质性，并将有助于未来针对肺及其他器官中平滑肌细胞的研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。