GNPS 哮喘队列血液样本重跑代谢组学数据

该数据集为 GNPS 哮喘队列血液样本的非靶向 LC/MS 代谢组学数据,在 Q-exactive 质谱仪上重跑,样本由 Microbiome Core 采集

omicsdi
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其他Metabolomics
GNPS - Asthma Cohort Blood Samples Rerun Metabolomics

基本信息

模态
其他
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

GNPS 哮喘队列血液样本重跑代谢组学数据

GNPS - Asthma Cohort Blood Samples Rerun Metabolomics 是一个面向呼吸系统疾病中哮喘研究的代谢组学数据集,归类于呼吸系统疾病/哮喘方向,来源站为 omicsdi.org。该数据集围绕哮喘队列的血液样本展开,采用非靶向液相色谱-质谱(LC/MS)代谢组学技术,并在 Q-exactive 质谱仪上进行了重跑。样本由 Microbiome Core 采集,主题标签为 Metabolomics。整体而言,该数据集提供了以血液为生物样本、以非靶向代谢组学为技术路线的哮喘队列数据资源,可供关注哮喘代谢特征的研究者了解和使用。

【数据集背景】

该数据集属于呼吸系统疾病中的哮喘研究范畴,来源站为 omicsdi.org。其英文名称为 GNPS - Asthma Cohort Blood Samples Rerun Metabolomics,表明其与 GNPS 相关,并针对哮喘队列的血液样本开展代谢组学分析。数据集的建立与 Microbiome Core 的样本采集工作相关,血液样本作为该队列的一部分被收集并用于代谢组学检测。主题标签为 Metabolomics,说明该数据集的核心内容属于代谢组学领域。关于该数据集的具体研究背景、所属项目编号、资助信息等,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的内容为哮喘队列血液样本的非靶向 LC/MS 代谢组学数据。所谓非靶向,意味着检测不预先限定目标代谢物列表,而是对样本中的代谢物进行较广泛的覆盖性采集。数据在 Q-exactive 质谱仪上重跑获得,即属于重跑(rerun)性质的质谱检测结果。数据集的主题标签为 Metabolomics,进一步明确了其数据类型。关于数据的具体文件格式、样本数量、代谢物鉴定数量、原始谱图与处理后数据的组织方式等,源站未提供。

【采集与来源】

样本来源为哮喘队列的血液样本,由 Microbiome Core 采集。检测在 Q-exactive 质谱仪上以非靶向 LC/MS 方式进行,且为重新跑样。数据集来源站为 omicsdi.org。关于采集时间、采集地点、样本处理流程、伦理审批信息以及重跑的具体原因等,源站未提供。

【适用场景】

基于其哮喘队列血液样本与非靶向 LC/MS 代谢组学的属性,该数据集可适用于哮喘相关的代谢组学探索性研究,例如对血液代谢轮廓的整体观察、代谢物特征的发现性分析,以及与其他哮喘队列或代谢组学数据的对照参考。由于采用非靶向策略,其潜在用途偏向于假设生成而非靶向定量验证。关于该数据集在具体研究中的实际应用案例或验证结论,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以非靶向 LC/MS 代谢组学数据的形式提供,使用者可依据来源站 omicsdi.org 的条目信息获取数据。关于数据下载方式、文件格式说明、预处理步骤、分析软件建议以及参数设置等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为在 Q-exactive 质谱仪上重跑的非靶向 LC/MS 代谢组学数据,样本为哮喘队列血液样本。非靶向策略通常带来代谢物覆盖广泛但鉴定确定性有限的特点,重跑数据的具体质量评估结果未见说明。关于数据集的样本量、缺失值情况、批次效应、质控样本设置以及数据完整性等质量相关信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源站为 omicsdi.org,英文名称为 GNPS - Asthma Cohort Blood Samples Rerun Metabolomics。关于数据集的引用方式、作者列表、发表文献以及使用许可条款等,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/gnps/MSV000091421

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

针对哮喘队列血液样本的非靶向LC/MS(在Q-exactive质谱仪上重新运行)代谢组学分析,样本采集自微生物组核心项目。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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