基于遗传锚点估算气道上皮DNA甲基化对基因表达因果效应的数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.rxwdbrvpq

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 1.21 GB。

数据说明

表达数量性状甲基化（eQTM）分析已识别出DNA甲基化（DNAm）与基因表达之间的众多关联，但这些关联背后的因果通路仍知之甚少。利用SNPs作为遗传锚点，我们在患有哮喘（n=219）和未患哮喘（n=236）的青少年鼻上皮样本中，研究了DNAm与基因表达之间顺式和反式关联的潜在因果效应。我们进行了因果中介分析，通过采用自适应bootstrap方法进行联合显著性检验，以评估DNA甲基化是否影响基因表达或反之亦然，从而估计了38,562个eQTM对的因果效应。在73%的配对中，DNAm是基因表达的合理原因。这些eQTM对中的基因在免疫通路中显著富集，并与哮喘表型相关。我们在肺组织的多种细胞类型中重复了eQTL发现，并在上呼吸道中重复了eQTL和meQTL发现。这些结果表明，DNAm是哮喘预防和治疗的一个有前景的靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。