St. Jude COMET儿童实体瘤甲基化数据库
St. Jude COMET儿童实体瘤甲基化数据库公开提供表格数据，围绕儿童实体瘤甲基化分型相关病例、标注或临床/组学信息，适合用于分类、算法训练、外部验证、表型分析和疾病机制探索。
基本信息
资源简介
St. Jude COMET儿童实体瘤甲基化数据库
【一句话概览】
COMET 是圣裘德儿童研究医院推出的儿童实体瘤综合甲基化数据库，基于 Illumina Infinium 850K 芯片，整合 DNA 甲基化、拷贝数变异与组织学数据，是全球最大的颅外儿童实体瘤表观遗传参考数据集。用户可上传 FFPE 或冷冻样本的 DNA 甲基化数据及 H&E 染色全切片图像进行查询，用于细化诊断、预测预后、评估基因组病变和刻画肿瘤细胞异质性。数据库涵盖 20 种儿童实体瘤的甲基化谱与配对全切片图像，并收录原位患者来源异种移植、细胞系、成人肉瘤及正常组织对照数据，旨在帮助全球改善儿童实体瘤诊疗（来源 stjude.org）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《COMET: COmprehensive METhylation database of pediatric solid tumors》。
【数据内容】
源站原始描述：A searchable database of epigenetics and histology for characterizing pediatric solid tumors. To provide a comprehensive repository of pediatric solid tumor DNA methylation and copy number variant (CNV) profiles generated using the Illumina Infinium 850K array, including corresponding histology data. COMET is the largest and most comprehensive extracranial pediatric solid tumor epigenetic reference dataset in the world. It offers researchers ways to: Stratify patients taking part in clinical tri…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：一个可搜索的表观遗传学和组织学数据库，用于表征儿童实体瘤。旨在提供一个全面的儿童实体瘤DNA甲基化和拷贝数变异（CNV）图谱库，这些图谱使用Illumina Infinium 850K芯片生成，并包含相应的组织学数据。COMET是世界上最大、最全面的颅外儿童实体瘤表观遗传学参考数据集。它为研究人员提供了以下途径：对参与临床试验的患者进行分层；改善疑难病例的诊断；研究儿童实体瘤的起源。由于肿瘤内部及肿瘤之间细胞类型的多样性，儿童实体瘤的诊断、分型和分期可能较为困难。一些人可以通过使用分子检测等先进技术来克服这些挑战，从而改善患者的诊断、治疗和监测。然而，世界上许多地区缺乏此类技术以及具有专业知识的病理学家。综合甲基化（COMET）数据库是St. Jude开发的一款新工具，允许用户优化诊断、预测结局、评估基因组病变的存在以及表征肿瘤细胞异质性。最重要的是，COMET使用的是易于获得的样本制备和分析技术。上传您的DNA甲基化和/或WSI数据，即可查询COMET数据库。这些数据包括：来自福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）块的苏木精-伊红（H&E）染色组织切片；使用从FFPE和/或冷冻块中分离的DNA进行的DNA甲基化图谱分析。COMET托管在St. Jude Cloud上，对于致力于改善全球实体瘤患儿照护的人员来说是一项重要工具，并且是一个提供以下资源的平台：20种不同类型儿童实体瘤的DNA甲基化图谱及匹配的全切片图像（WSI）；原位患者来源异种移植瘤、细胞系、成人肉瘤和正常组织的比较性集合；用户能够使用自己的DNA甲基化和/或WSI数据查询COMET数据库。
【主题与分类】
主题标签：pediatric solid tumors、DNA methylation、epigenetics、histology、copy number variant、Illumina Infinium 850K array、whole slide images、FFPE、patient-derived xenografts、cell lines。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://www.stjude.org/research/departments/computational-biology/comet.html
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://www.stjude.org/research/departments/computational-biology/comet.html
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
St. Jude COMET儿童实体瘤甲基化数据库是与儿童实体瘤甲基化分型相关的公开数据集，包含表格数据，可用于分类、分型、诊断或预后研究。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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