脊索瘤组学数据集清单

资源简介

脊索瘤组学数据集清单

【一句话概览】

脊索瘤基金会利用全外显子测序（WES，100X，150bp双端）和全转录组测序（WTS，80M reads，150bp双端），对21个脊索瘤细胞系和12个患者来源异种移植（PDX）模型进行了全面表征。每个模型在至少两个传代中对四个生物学重复进行WTS，以反映基因表达差异。原始测序数据可在Cavatica下载，模型测序汇总数据可在PedcBioPortal获取。此外，公开数据集列表涵盖RNA-seq、甲基化、WES和WGS等多种数据类型，供研究人员和临床医生使用（来源 chordomafoundation.org）。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Chordoma-omics data》。

【数据内容】

源站原始描述：Explore a comprehensive list of publicly available chordoma datasets, featuring both published and unpublished resources accessible to researchers and clinicians. This live spreadsheet captures an array of data types, including RNA-seq, methylation, WES, and WGS, providing valuable data to support chordoma research and enhance insights. The Chordoma Foundation has conducted comprehensive characterization of 21 chordoma cell lines and 12 patient-derived xenograft (PDX) models using Whole Exome Se…

中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：探索一份全面的公开脊索瘤数据集列表，涵盖已发表和未发表资源，供研究人员和临床医生使用。这份实时更新的电子表格汇集了多种数据类型，包括RNA-seq、甲基化、WES和WGS，为脊索瘤研究提供宝贵数据支持，增进洞见。脊索瘤基金会利用全外显子组测序（WES）（100X，150bp双端）和全转录组测序（WTS）（80M reads，150bp双端）对21个脊索瘤细胞系和12个患者衍生异种移植（PDX）模型进行了全面表征。每个模型在至少两个传代阶段进行了四个生物学重复（即不同的PDX肿瘤或细胞培养皿）的WTS，以考虑基因表达变异性。原始测序数据可在Cavatica上下载。模型测序汇总数据可在PedcBioPortal上获取。

【主题与分类】

主题标签：chordoma、RNA-seq、methylation、WES、WGS、cell lines、PDX、Whole Exome Sequencing、Whole Transcriptome Sequencing。

【适用方向】

多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。

【获取与许可】

源站页面：https://www.chordomafoundation.org/researchers/chordoma_data/