LCIS病灶内遗传异质性与克隆演化数据集
该数据集包含LCIS、DCIS、浸润性小叶癌和浸润性导管癌的显微切割样本全外显子测序数据，用于研究LCIS进展中的体细胞变异和克隆演化。由Memorial Sloan Kettering Cancer Center提供，来自dbGaP，数据格式为表格，包含24条数据记录，适用于分类任务，专注于肿瘤领域的小叶原位癌（LCIS）研究。
基本信息
资源简介
LCIS病灶内遗传异质性与克隆演化数据集
【一句话概览】
本研究纳入24例在MSKCC确诊并管理的LCIS患者，于预防性或治疗性乳房切除术后，前瞻性采集多灶性小叶原位癌、导管原位癌、浸润性小叶癌和浸润性导管癌的新鲜冷冻样本并进行显微切割，采用Illumina HiSeq 2000进行配对末端全外显子测序，用以描绘上述病变的体细胞遗传改变图谱、明确克隆相关性，并探究从原位癌向浸润性乳腺癌进展中的克隆演变（来源 NCBI）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Lobular Carcinomas In Situ Display Intra-Lesion Genetic Heterogeneity and Clonal Evolution in the Progression to Invasive Disease》。
【数据内容】
源站原始描述：This study comprises prospectively accrued, microdissected fresh frozen samples of multifocal lobular carcinoma in situ (LCIS), ductal carcinoma in situ (DCIS), invasive lobular carcinoma and invasive ductal carcinoma from patients undergoing prophylactic or therapeutic mastectomies after a diagnosis on LCIS diagnosed and managed at Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSKCC). Microdissected samples were subjected to paired-end whole exome sequencing on an Illumina HiSeq 2000. The data genera…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：本研究包括前瞻性收集的、经显微切割的新鲜冷冻样本，这些样本来自多灶性小叶原位癌（LCIS）、导管原位癌（DCIS）、浸润性小叶癌和浸润性导管癌患者，这些患者在Memorial Sloan Kettering Cancer Center（MSKCC）诊断并管理LCIS后接受了预防性或治疗性乳房切除术。显微切割样本在Illumina HiSeq 2000平台上进行了配对末端全外显子组测序。生成的数据用于定义LCIS、DCIS、浸润性小叶癌和浸润性导管癌的体细胞遗传改变图谱，确定这些病变的克隆相关性，并研究从原位癌向浸润性乳腺癌进展过程中的克隆演变。
【主题与分类】
主题标签：Carcinoma, Lobular、lobular carcinoma in situ、ductal carcinoma in situ、invasive lobular carcinoma、invasive ductal carcinoma、breast cancer、Whole Exome Sequencing、Illumina HiSeq 2000。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001006.v1.p1
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001006.v1.p1
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含LCIS、DCIS、浸润性小叶癌和浸润性导管癌的显微切割样本全外显子测序数据，用于研究LCIS进展中的体细胞变异和克隆演化。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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