人类多巴胺神经元单细胞基因组图谱：识别帕金森病中选择性退化的神经元群体

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/b0f0b447-ac37-45b0-b1bf-5c0b7d871120

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

黑质致密部（SNpc）内部分多巴胺（DA）神经元的丢失是帕金森病（PD）的一个决定性病理标志。然而，与DA神经元易感性相关的分子特征尚未被完全确定。为了全面表征黑质DA神经元的类型及其对PD的相对易感性，我们开发了一套方案，用于富集并转录组分析来自PD患者及匹配对照的数千个DA神经元，共采样了387,483个细胞核，其中包括22,048个DA神经元图谱。我们鉴定出10个群体，并利用Slide-seq将每个群体在SNpc内进行空间定位。其中一个单一亚型，以AGTR1基因表达为标志，并在空间上局限于SNpc的腹侧层，对该亚型的丢失高度易感，并显示出TP53和NR2F2靶标的最强上调，从而提名了与体内退变相关的分子过程。这同一易感群体特别富集了与PD相关的遗传风险，突显了细胞内在通路在决定DA神经元对PD相关退变差异易感性中的重要性。

注意：进行基因搜索时，所有基因名称均已大写。疾病：路易体痴呆、帕金森病、正常。组织：黑质致密部。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。