帕金森病多脑区单核转录组图谱

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/d5d0df8f-4eee-49d8-a221-a288f50a1590

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

帕金森病（PD）是一种使人衰弱的神经退行性疾病，以运动和认知障碍为特征，影响60岁以上人群的1%以上。PD的发病机制复杂，且在很大程度上仍属未知。由于人脑的细胞异质性以及随着疾病进展细胞类型组成的变化，这种复杂性无法通过批量组织研究完全捕捉。为解决这一问题，我们从100例尸检病例和对照中生成了单核RNA测序和全基因组测序数据，这些样本经过精心选择，以代表PD神经病理严重程度的整个谱系和多样的临床症状。单核数据来自五个脑区，捕捉了PD病理的皮层下和皮层扩散。我们应用了严格的前处理和质量控制，以确保数据的可靠性。致力于合作研究和开放科学，该数据集可在AMP PD Knowledge Platform上获取，为研究人员探索PD的分子基础并加速理解和治疗该疾病的进展提供了宝贵的工具。疾病：帕金森病，正常。

组织：迷走神经背侧运动核、内侧苍白球、前额叶皮层、初级运动皮层、初级视觉皮层。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。