清醒小鼠视觉皮层神经元雪崩动力学分析数据与代码
该数据集伴随一项关于清醒小鼠视觉皮层2/3层重叠神经元雪崩动力学的研究。研究使用介观双光子钙成像记录纹状与纹外视觉区在自发活动和视觉刺激期间的神经元群体
基本信息
资源简介
清醒小鼠视觉皮层神经元雪崩动力学分析数据与代码
该数据集伴随一项关于清醒小鼠视觉皮层2/3层重叠神经元雪崩动力学的研究，收录了研究过程中处理后的数据与分析代码。研究采用介观双光子钙成像技术，记录纹状与纹外视觉区在自发活动和视觉刺激期间的神经元群体活动，并借助卷积非负矩阵分解（seqNMF）分离同时出现的时空活动模式，进而将这些模式的雪崩动力学与瞳孔关联的唤醒水平、接近临界性的度量以及信息处理联系起来。数据集包含10次分析记录的合并荧光变化（Delta F/F）矩阵与去卷积脉冲率估计，共以float32数组形式分发19个矩阵，其中tigre806自发球脉冲率矩阵保留原始float64精度。该数据集发布于Zenodo，采用知识共享署名4.0国际许可，面向神经科学数据复用与方法复现。
【数据集背景】
该数据集对应的研究聚焦清醒小鼠视觉皮层2/3层中重叠神经元雪崩的动力学，关注这些动力学如何与瞳孔关联的唤醒状态、系统接近临界性的程度以及信息处理相关联。研究背景涉及介观尺度双光子钙成像对神经元群体的记录，以及通过卷积非负矩阵分解（seqNMF）分离共存的时空活动模式。数据集英文名称为“Processed data and analysis code for "Arousal-informed neuronal avalanches operate near criticality"”，本站分类归入神经系统疾病 / 其他，来源站为doi.org，发布机构为Zenodo，发布时间为2026年。
【数据内容】
数据集包含10次分析记录的合并荧光变化（Delta F/F）矩阵和去卷积脉冲率估计，共分发19个矩阵，均以float32数组形式提供。其中，tigre806自发球脉冲率矩阵因float32舍入会改变发表时的一项判定，故保留其原始float64精度。数据覆盖纹状与纹外视觉区在自发活动与视觉刺激期间的记录，并包含与seqNMF分离出的共现时空活动模式相关的分析代码。源站描述提及的“2 paths from diesel2p”表明合并矩阵来自两条路径的荧光变化数据。
【采集与来源】
数据来自清醒小鼠视觉皮层的介观双光子钙成像记录，覆盖纹状与纹外视觉区，记录条件包括自发活动和视觉刺激。源站描述说明，数据集伴随一项关于清醒小鼠视觉皮层2/3层重叠神经元雪崩动力学的研究，使用双光子钙成像获取神经元群体活动，并通过seqNMF分离共现的时空活动模式。数据发布于Zenodo，来源站为doi.org。作者包括Stefens, Cédric、Rajpal, Hardik、Canzano, Joe S.、Saeedian, Meghdad、Kareithi, Michael G.、Jensen, Henrik Jeldtoft、Barahona, Mauricio、Smith, Spencer LaVere、Schultz, Simon R.。
【适用场景】
该数据集适用于围绕清醒小鼠视觉皮层神经元雪崩动力学、临界性度量、瞳孔关联唤醒水平与信息处理关系的研究复现与二次分析。由于包含处理后的Delta F/F矩阵、去卷积脉冲率估计以及分析代码，可用于检验seqNMF分离出的共现时空活动模式的雪崩统计特性，也可用于方法学比较与数据复用。本站分类将其归入神经系统疾病 / 其他，但源站描述未提供该数据集与特定神经系统疾病直接关联的说明。
【使用方法】
使用者可基于分发的19个float32矩阵开展分析，其中tigre806自发球脉冲率矩阵应以原始float64精度读取，以避免因float32舍入改变相关判定。数据集包含分析代码，可配合10次分析记录的合并Delta F/F矩阵与去卷积脉冲率估计，复现seqNMF分离及时空活动模式的雪崩动力学分析。源站未提供更详细的使用步骤、软件环境或运行说明。
【质量与限制】
数据集以float32数组分发19个矩阵，但tigre806自发球脉冲率矩阵因float32舍入会改变发表时的一项判定而保留float64精度，这是需要在使用中注意的精度限制。源站描述未提供其他质量评估、缺失数据说明或验证结果。数据集覆盖10次分析记录，源站未提供样本量、记录时长或动物数量的进一步信息。
【引用与许可】
该数据集采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可，使用时需按许可要求署名。发布机构为Zenodo，来源站为doi.org，发布时间为2026年。作者为Stefens, Cédric、Rajpal, Hardik、Canzano, Joe S.、Saeedian, Meghdad、Kareithi, Michael G.、Jensen, Henrik Jeldtoft、Barahona, Mauricio、Smith, Spencer LaVere、Schultz, Simon R.。源站未提供具体引用格式或DOI字符串。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23375856
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 8.09 GB。
数据说明
本数据集伴随一项关于清醒小鼠视觉皮层2/3层中重叠神经元雪崩动力学的研究。研究采用介观双光子钙成像技术，记录自发活动和视觉刺激期间纹状皮层及纹状外视觉区域的神经元群体活动。卷积非负矩阵分解（seqNMF）分离出共现的时空活动模式，其雪崩动力学与瞳孔关联的唤醒水平、接近临界性的度量以及信息处理相关。该数据存放包含10段分析记录的合并（来自diesel2p的2条路径）荧光变化（Delta F/F）矩阵和去卷积脉冲率估计值。共分发19个矩阵，均为float32数组。tigre806自发球脉冲率矩阵保留其原始float64精度，因为float32舍入在已发表的检测阈值下改变了一项判定。细胞掩膜、坐标、时间戳以及可用的瞳孔/刺激信息均保留其提供的精度。
该存储库还包含选定的seqNMF分解拟合结果、序列级指标和紧凑的原始精度绘图输入，以及Python图形渲染代码、存档的分析笔记本、MATLAB seqNMF代码和环境信息。选定的MATLAB拟合结果保留了分析中使用的实际分解结果。文档记录的拟合工作流使用K = 20个候选因子、基序长度为10帧、100次迭代，并在0.0001至0.01范围内对100个对数间隔的正则化值进行扫描。保存的重建工作流通过平衡归一化重建成本和正则化成本来选择正则化值。历史输入准备和序列重建包含float16量化；这一点已被记录，而非被悄然更改。发布版本向float32的转换仅适用于Delta F/F和尖峰率矩阵。大型序列重建矩阵和冗余的中间ca
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
