Neuro-FITM:同步钙成像与电生理的多模态记录

主题标签:神经系统疾病、钙成像、电生理、多模态记录、NWB、BRAIN Initiative。本数据集为神经系统疾病领域公开数据集,主题涵盖神经系统疾病。

dandi
2024-04-15 更新
浏览 47
时间序列神经系统疾病钙成像电生理多模态记录NWBBRAIN Initiative
Neuro-FITM: Multi-Modal Recordings of Simultaneous Calcium Imaging and Electrophysiology

基本信息

模态
时间序列
创建/更新时间
2024-04-15
版本
draft

资源简介

Neuro-FITM:同步钙成像与电生理的多模态记录

Neuro-FITM 是一个面向神经系统疾病研究领域的公开多模态神经生理数据集,英文全称为 Neuro-FITM: Multi-Modal Recordings of Simultaneous Calcium Imaging and Electrophysiology。该数据集的核心特征在于同步采集钙成像与电生理信号,并以 NWB(Neurodata Without Borders)标准格式组织,属于 BRAIN Initiative 支持的数据资源,托管于 DANDI Archive(dandiset 编号 000961)。其主题标签涵盖神经系统疾病、钙成像、电生理、多模态记录、NWB 与 BRAIN Initiative,适合关注神经环路活动与疾病机制的研究者使用。

【数据集背景】

该数据集归属于神经系统疾病这一大类,具体分类为“其他”。其建设依托 BRAIN Initiative 框架,并以 NWB 标准作为数据组织规范,旨在为神经科学界提供可共享、可复用的多模态神经生理记录。数据集的联系人为 Rowell, Carter。关于该数据集更详细的项目背景、资助信息或研究目标,源站未提供。

【数据内容】

数据集的核心内容是同步进行的钙成像与电生理记录,即在同一实验条件下同时获取两类模态的神经活动信号。这种多模态记录方式有助于在时间维度上对齐光学信号与电信号,从而支持对神经元活动的交叉验证与联合分析。数据以 NWB 标准格式存储,便于使用通用神经生理分析工具进行读取与处理。关于具体的记录通道数、采样率、动物数量、脑区、细胞类型或实验条件等细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 dandiarchive.org 上的 DANDI Archive,对应 dandiset 000961。该数据集被标注为 NWB 标准的神经生理数据集,并属于 BRAIN Initiative 相关资源。联系人信息为 Rowell, Carter。关于采集设备、实验方案、样本来源、伦理审批或具体采集时间等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于神经系统疾病领域的多模态神经活动研究,尤其是需要同时分析钙成像信号与电生理信号的研究场景。由于采用 NWB 标准,它可用于方法学比较、跨模态信号对齐、神经环路活动分析以及可重复性研究等。对于希望利用公开神经生理数据开展二次分析的研究者,该数据集提供了一个可访问的资源入口。关于其是否适用于特定疾病模型或特定分析任务,源站未提供进一步说明。

【使用方法】

使用者可通过 DANDI Archive 访问 dandiset 000961,并依据 NWB 标准工具链读取数据。由于数据以 NWB 格式组织,常见的神经生理数据分析软件和编程库可用于加载、浏览与处理。关于具体的下载方式、访问权限、推荐工具版本或分析流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集以 NWB 标准发布,并归属于 BRAIN Initiative,这通常意味着其在数据组织与共享方面遵循一定的规范。然而,关于数据质量评估、信噪比、缺失数据情况、标注完整性或已知技术限制等信息,源站未提供。使用者在使用前应自行评估数据是否满足其研究需求。

【引用与许可】

该数据集托管于 DANDI Archive,编号为 000961,联系人为 Rowell, Carter。关于具体的引用格式、许可条款、使用限制或版权声明,源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时,应直接查阅源站页面以获取最新的许可与引用要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://dandiarchive.org/dandiset/000961

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DANDI Archive dandiset 000961. NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative). Contact: Rowell, Carter.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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