小鼠执行自然虚拟觅食任务时的视觉皮层活动

从名称可以看出,本数据集关注的科学情境是:小鼠在接近自然条件的虚拟觅食任务中执行行为时,其视觉皮层产生的活动。觅食任务通常涉及动物在环境中移动、辨别视觉线索并作出选择,因此这类数据把视觉皮层活动与行为过程放在同一框架下记录,有助于在较接近自然的行为条件下考察视觉信息的处理过程

dandi
2021-12-14 更新
浏览 26
时间序列神经电生理NWB视觉皮层虚拟现实行为范式神经系统疾病神经科学小鼠模型
Visual cortical activity in mice performing naturalistic virtual foraging task

基本信息

模态
时间序列
创建/更新时间
2021-12-14
版本
0.220103.2119

资源简介

小鼠执行自然虚拟觅食任务时的视觉皮层活动

该数据集英文名为 Visual cortical activity in mice performing naturalistic virtual foraging task,记录的是小鼠在自然化虚拟觅食任务中视觉皮层的活动,属于神经生理学数据,以 NWB 标准格式组织,来源为 dandiarchive.org 上的 DANDI Archive,数据集编号为 dandiset 000206。

【数据集背景】

从名称可以看出,本数据集关注的科学情境是:小鼠在接近自然条件的虚拟觅食任务中执行行为时,其视觉皮层产生的活动。觅食任务通常涉及动物在环境中移动、辨别视觉线索并作出选择,因此这类数据把视觉皮层活动与行为过程放在同一框架下记录,有助于在较接近自然的行为条件下考察视觉信息的处理过程。在分类上,该数据集被归入“神经系统疾病 / 其他”。该数据属于美国 BRAIN Initiative 相关项目产出的数据,并以 NWB(Neurodata Without Borders)标准进行组织。联系人为 Smith, Spencer。除此以外,关于研究目的、实验假设、所属具体课题等背景信息,源站未提供。

【数据内容】

数据内容为神经生理学数据,主题是小鼠视觉皮层在执行自然化虚拟觅食任务期间的活动。数据以 NWB 标准组织,这种格式通常意味着行为与神经活动等信息按统一结构存放,便于在不同工具之间读取、共享和复用。至于具体包含多少只动物、多少个记录 session、多少个神经元或通道、任务的具体阶段划分、记录的是成像信号还是电生理信号、是否附带完整的行为时间序列等细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 dandiarchive.org,即 DANDI Archive,编号为 dandiset 000206。该数据被描述为符合 NWB 标准的神经生理学数据集,并与 BRAIN Initiative 相关。联系人为 Smith, Spencer。关于采集设备、实验地点、记录时间、动物品系与年龄、手术与伦理审批等采集层面的具体信息,源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息,该数据可用于围绕小鼠视觉皮层活动及其与觅食行为关系的研究,例如分析动物在虚拟环境中执行任务时的神经活动模式。由于数据采用 NWB 标准,也适合用于需要标准化格式的神经数据分析流程、方法比较或数据复用场景。但该数据集是否适合其他特定研究目的,需要结合其实际内容判断,源站未提供相关适用范围说明。

【使用方法】

访问途径为 dandiarchive.org 上的 dandiset 000206 页面。由于数据以 NWB 标准组织,一般可使用支持该标准的工具进行读取和处理。关于下载方式、数据规模、目录结构、所需软件版本、示例代码等操作层面的说明,源站未提供。

【质量与限制】

该数据被标注为符合 NWB 标准的神经生理学数据集,并属于 BRAIN Initiative 相关产出。关于数据质量评估结果、噪声水平、缺失情况、已知偏差、样本量是否充分以及使用时的注意事项,源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式与许可条款。若需引用或了解使用条件,可参考其来源页面,联系人为 Smith, Spencer。

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使用方式

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源站:https://dandiarchive.org/dandiset/000206

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DANDI Archive dandiset 000206。NWB 标准神经生理学数据集(BRAIN Initiative)。联系人:Smith, Spencer。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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