琥珀酸补充改善BCARD综合征模型中PLOD3突变所致肌肉骨骼缺陷

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE318257

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：BCARD综合征是一种罕见的复杂结缔组织疾病，与PLOD3基因变异相关，表现为肌肉骨骼、血管和感觉功能缺陷。PLOD3在胶原蛋白翻译后修饰中的作用已被确立。然而，由于对驱动表型变化的细胞和分子机制了解甚少，目前纠正与PLOD3相关的结缔组织缺陷的治疗选择有限。方法：为阐明PLOD3基因型-表型关联的机制，我们采用了临床数据、患者来源成纤维细胞中的分子检测、斑马鱼模型中的扰动实验、细胞和分子实验，以及无偏好的全基因组和全转录组方法。结果：我们发现，野生型人PLOD3 mRNA可部分挽救斑马鱼plod3突变体的肌肉骨骼、血管和大脑表型，而临床鉴定的变异仅具有有限效果，这验证了变异的致病性以及PLOD3功能在脊椎动物中的高度保守性。

我们发现，在分子水平上，器官系统选择性上调未折叠蛋白反应的PERK通路，随后激活自噬，作为对细胞外基质（ECM）蛋白堆积的适应性反应；然而，自噬抑制剂并未挽救plod3突变体的表型。对plod3突变体的批量RNA-seq分析显示，代谢通路中的基因下调，包括电子传递链和三羧酸（TCA）循环，这与线粒体电子显微镜照片中的结构缺陷一致。对药物重定位数据门户的检索发现，一种膳食补充剂——琥珀酸，与PLOD3以及另外25个参与TCA循环和胶原合成通路的基因相关。我们证明，琥珀酸处理改善了BCARD特征，即肌肉骨骼缺陷，并恢复了斑马鱼模型中TCA循环基因表达降低的情况。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。