视网膜发生相关转录因子在光感受器分化后被昼夜节律时钟征用
该数据集来自 Dryad,对应一项以斑马鱼为模型的研究,探讨昼夜节律时钟在胚胎发育中的作用。研究在斑马鱼幼体中鉴定出多个节律性表达基因,包括参与神经元与肠道分化的关键转录调控因子 neurod 和 cdx1b;其中 neurod 及若干转录因子的节律性表达仅在发育中的视网膜中被观察到,且这些节律在转

基本信息
资源简介
视网膜发生相关转录因子在光感受器分化后被昼夜节律时钟征用
Data from: Transcription factors involved in retinogenesis are co-opted by the circadian clock following photoreceptor differentiation
该数据集来自 Dryad,对应一项以斑马鱼为模型的研究,探讨昼夜节律时钟在胚胎发育中的作用。研究在斑马鱼幼体中鉴定出多个节律性表达基因,包括参与神经元与肠道分化的关键转录调控因子 neurod 和 cdx1b;其中 neurod 及若干转录因子的节律性表达仅在发育中的视网膜中被观察到,且这些节律在转录因子完成光感受器分化关键作用之后才出现。数据可支持昼夜节律与视网膜发育、转录调控相关研究(来源 DOI 解析,Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可)。
【数据集背景】
源站首次发布:2015。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):已知昼夜节律时钟调控广泛的生理和细胞过程,但对其在胚胎发育中的作用却知之甚少。斑马鱼为探索这一问题提供了独特机会,不仅因为对该物种的关键发育事件已有大量了解,还因为其时钟在发育的第一天就已启动。在本研究中,我们在斑马鱼幼体中鉴定出众多节律性基因,包括分别参与神经元和肠道分化的关键转录调控因子 neurod 和 cdx1b。neurod 及若干其他转录因子的节律性表达仅在发育中的视网膜中被观察到。令人惊讶的是,这些表达节律在发育的某一阶段才开始出现,而此前已知这些转录因子已在光感受器分化中发挥了其必要作用。
【主题与分类】
主题标签:Photoreceptors、neuroD、Transcription factors、Danio rerio、NanoString。本站分类:神经系统疾病。
【获取与许可】
源站页面:https://datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.r07bc
使用许可:Creative Commons Zero v1.0 Universal。
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源站:https://doi.org/10.5061/dryad.r07bc
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pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 570.7 KB。
数据说明
已知生物钟调控着广泛的生理和细胞过程,然而对其在胚胎发育中的作用却知之甚少。斑马鱼为探索这一问题提供了独特的机会,不仅因为对该物种关键发育事件已有大量了解,还因为其生物钟在发育的第一天就已启动。在本研究中,我们在斑马鱼幼鱼中鉴定出众多节律性基因,包括分别参与神经元和肠道分化的关键转录调控因子neurod和cdx1b。neurod及其他几个转录因子的节律性表达仅在发育中的视网膜中观察到。令人惊讶的是,这些表达节律在发育阶段才开始出现,而此前这些转录因子已知已在光感受器分化中发挥了重要作用。此外,这种昼夜节律调控在成体视网膜中得以维持。
因此,一旦成熟的光感受器形成,多种视网膜转录因子便受到昼夜节律时钟的调控,此时它们在调节光转导途径中的节律性元素方面似乎扮演着新的重要角色。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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