人类中央凹与外周视网膜细胞图谱

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/1d1c7275-476a-49e2-9022-ad1b1c793594

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

大多数不可逆性失明由视网膜疾病导致。为促进对致盲疾病病因学的理解，我们采用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了来自7名成人供体视网膜中央凹和周边视网膜约85,000个细胞的转录组。利用计算方法，我们在6个类别中鉴定出58种细胞类型：光感受器细胞、水平细胞、双极细胞、无长突细胞、视网膜神经节细胞和非神经元细胞。几乎所有类型在两个视网膜区域之间共享，但共享类型的中央凹和周边队列在基因表达和比例上存在显著差异。随后，我们利用人类视网膜图谱定位了636个被认定为致盲疾病病因或风险因素的基因的表达。许多基因以显著的细胞类别、类型或区域特异性模式表达。最后，我们比较了人类与食蟹猕猴（Macaca fascicularis）之间细胞类型的基因表达特征。我们显示，超过90%的人类细胞类型在转录组学上与先前在猕猴中鉴定的类型相对应，并且疾病相关基因的表达在两个物种之间大体保守。

这些结果验证了使用猕猴作为致盲疾病模型的有效性，并为研究视觉处理的分子机制提供了基础。疾病：正常。组织：中央凹、视网膜周边区域。检测方法：10x 3’ v2、10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。