脑脊液定量蛋白质组学鉴定阿尔茨海默病候选生物标志物

该数据集来自 omicsdi.org,主题为阿尔茨海默病(AD)脑脊液定量蛋白质组学研究。源站描述显示,研究采用高分辨率质谱与串联质量标签(TMT)技术筛选AD候选生物标志物,并在独立队列中用多重靶向PRM-LC-MS/MS分析对部分候选标志物进行验证

omicsdi
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蛋白质分类HumanCerebrospinal fluidAlzheimer's diseaseBiomarker
Quantitative proteomic profiling of cerebrospinal fluid to identify candidate biomarkers for Alzheimer’s disease

基本信息

模态
蛋白质
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

脑脊液定量蛋白质组学鉴定阿尔茨海默病候选生物标志物

该数据集英文名为 Quantitative proteomic profiling of cerebrospinal fluid to identify candidate biomarkers for Alzheimer’s disease,来自 omicsdi.org,本站归类于神经系统疾病下的阿尔茨海默病方向。数据集围绕阿尔茨海默病(AD)脑脊液定量蛋白质组学研究展开,主题标签包括 Human、Cerebrospinal fluid、Alzheimer's disease 与 Biomarker。源站描述显示,研究采用高分辨率质谱与串联质量标签(TMT)技术筛选AD候选生物标志物,并在独立队列中利用多重靶向 PRM-LC-MS/MS 分析对部分候选标志物进行验证。整体而言,该数据集面向AD循环生物标志物发现这一研究需求,提供脑脊液蛋白质组的定量分析资源。

【数据集背景】

阿尔茨海默病是最常见的痴呆类型,随着人类预期寿命的提高,AD患者数量预计将持续增加。源站描述指出,β-淀粉样蛋白(Aβ)在细胞外基质中的沉积以及细胞内神经原纤维缠结是AD大脑的病理学标志。然而,目前尚无可靠的循环生物标志物可用于AD的准确诊断。正是在这一背景下,该研究致力于通过脑脊液定量蛋白质组学分析,识别可用于AD的候选生物标志物,以弥补循环标志物缺乏的不足。

【数据内容】

该数据集的主题标签涵盖人类(Human)、脑脊液(Cerebrospinal fluid)、阿尔茨海默病(Alzheimer's disease)和生物标志物(Biomarker),表明其内容聚焦于人类脑脊液样本中与AD相关的蛋白质组定量信息及候选生物标志物。源站描述提到,研究识别出一批候选标志物,并从中选取一部分在独立队列中进行了验证。关于数据集中具体包含的样本数量、蛋白或肽段数目、定量矩阵结构、文件格式等细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 omicsdi.org。研究采用高分辨率质谱与串联质量标签(TMT)技术开展脑脊液蛋白质组的定量分析,以筛选AD候选生物标志物;随后在独立队列中使用多重靶向 PRM-LC-MS/MS 分析对部分候选标志物进行验证。关于样本采集地点、队列来源、伦理审批信息及具体仪器型号等,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题与技术路线,该数据集适用于阿尔茨海默病脑脊液候选生物标志物的发现与评估、蛋白质组定量分析方法的参考,以及围绕AD循环生物标志物开展的相关研究。源站描述强调AD缺乏可靠的循环生物标志物,因此该数据可为标志物筛选与验证研究提供支持。关于其他具体应用场景,源站未提供。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用说明,包括数据下载方式、文件组织、分析流程与参数设置等。

【质量与限制】

源站描述显示,研究对部分候选标志物在独立队列中进行了靶向验证,这为候选标志物的可靠性提供了一定支持。但需注意,验证仅覆盖部分候选标志物,且源站未提供数据集规模、定量精度、缺失值情况等质量评估信息。关于该数据集的其他质量指标与使用限制,源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD008098

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

阿尔茨海默病(AD)是痴呆症最常见的类型,随着人类预期寿命的延长,AD患者数量预计将不断增加。β-淀粉样蛋白(Aβ)在细胞外基质中的沉积以及细胞内神经原纤维缠结是AD大脑的病理学标志。然而,目前尚无可靠的循环生物标志物可用于AD的准确诊断。本研究采用高分辨率质谱技术和串联质谱标签(TMT)技术筛选阿尔茨海默病的候选生物标志物,并在独立队列中采用多重靶向PRM-LC-MS/MS分析方法对部分候选标志物进行了验证。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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