PRJNA769050：肠道菌群驱动的脑Aβ淀粉样变性需要Microglia
近期证据提示生命早期肠道微生物组在免疫细胞训练中具有重要作用。我们使用两种独立的阿尔茨海默病转基因（Tg）品系证明，终生抗生素（ABX）扰动肠道微生物组与雄性小鼠中淀粉样蛋白β（Aβ）斑块病理和Microglia表型减少相关
基本信息
资源简介
PRJNA769050：肠道菌群驱动的脑Aβ淀粉样变性需要Microglia
PRJNA769050 数据集聚焦于肠道微生物组与阿尔茨海默病之间的机制关联，围绕“肠道微生物组驱动的脑内 Aβ 淀粉样变性需要小胶质细胞参与”这一主题展开。该数据集归属于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病分类，来源于 ebi.ac.uk。其研究背景建立在生命早期肠道微生物组对免疫细胞训练具有重要作用的近期证据之上，通过两种独立的阿尔茨海默病转基因品系，探讨终生抗生素扰动肠道微生物组对雄性小鼠淀粉样蛋白 β 斑块病理及小胶质细胞表型的影响，并进一步借助粪便微生物群移植建立因果关系。数据集还计划以基因型、性别和时间依赖的方式，比较短期抗生素处理与对照组的转录组谱差异。
【数据集背景】
近期证据提示，生命早期肠道微生物组在免疫细胞训练中发挥重要作用。既有研究使用两种独立的阿尔茨海默病转基因（Tg）品系，证明终生抗生素（ABX）扰动肠道微生物组与雄性小鼠中淀粉样蛋白 β（Aβ）斑块病理和小胶质细胞表型减少相关。此外，将年龄匹配的 APPPS1-21 Tg 小鼠的粪便微生物群移植（FMT）到长期 ABX 处理的雄性 APPPS1-21 小鼠中，可部分恢复淀粉样变性和小胶质细胞增生，从而确立因果关系。当前研究计划在此基础上，进一步考察短期 ABX 处理（PND14-21）与载体处理组在 APPPS1-21 小鼠中的转录组谱差异，并以基因型、性别和时间依赖的方式进行分析；同时重点探究来自年龄匹配 Tg 雄性小鼠的粪便微生物群移植的作用。
【数据内容】
该数据集的核心内容涉及 APPPS1-21 小鼠在短期抗生素处理（PND14-21）与载体处理条件下的转录组谱比较，分析维度包括基因型、性别和时间依赖性。研究还涉及粪便微生物群移植实验，即从年龄匹配的 Tg 雄性小鼠向短期处理受体小鼠进行 FMT。数据所覆盖的具体样本量、测序平台、文件格式与数据规模，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于 ebi.ac.uk。研究使用两种独立的阿尔茨海默病转基因（Tg）品系小鼠，核心模型为 APPPS1-21 Tg 小鼠。实验涉及终生抗生素扰动、短期抗生素处理（PND14-21）、载体处理以及粪便微生物群移植（FMT）等干预方式，并区分雄性小鼠、基因型与时间因素。样本采集的具体组织类型、测序方法与伦理信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究肠道微生物组对阿尔茨海默病病理进程的影响机制，尤其是抗生素扰动与粪便微生物群移植对 Aβ 斑块病理、小胶质细胞表型及转录组谱的作用。也可用于探讨基因型、性别和时间因素在微生物组—免疫—淀粉样变性轴中的交互效应，以及生命早期微生物组扰动对免疫细胞训练的潜在影响。具体分析工具与流程的适配性，源站未提供。
【使用方法】
使用时应围绕 APPPS1-21 小鼠短期 ABX 处理与载体对照的转录组比较展开，并按基因型、性别和时间维度分层分析。可结合 FMT 实验设计，比较接受年龄匹配 Tg 雄性小鼠粪便微生物群移植后的转录组变化，以检验微生物组驱动淀粉样变性的因果路径。数据下载方式、预处理步骤与标准化流程，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于两种独立的阿尔茨海默病转基因品系，并以雄性小鼠为主要研究对象，其结论向雌性或其他品系的推广需谨慎。短期 ABX 处理窗口为 PND14-21，与终生 ABX 扰动在暴露时长上存在差异，解释结果时应区分两种处理模式。FMT 实验仅部分恢复淀粉样变性和小胶质细胞增生，提示存在其他未覆盖的机制因素。样本量、测序深度、批次效应与统计效力等信息，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA769050
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
近期证据表明，生命早期肠道微生物组在免疫细胞训练中发挥重要作用。利用两种独立的阿尔茨海默病转基因（Tg）品系，我们已证明，终身抗生素（ABX）扰动肠道微生物组与雄性小鼠中淀粉样蛋白β（Aβ）斑块病理及小胶质细胞表型的减少相关。此外，将年龄匹配的APPPS1-21 Tg小鼠的粪便微生物移植（FMT）至长期ABX处理的雄性APPPS1-21小鼠中，可部分恢复淀粉样变性和小胶质细胞增生，从而确立了因果关系。在当前研究中，我们计划以基因型、性别和时间依赖的方式，研究短期ABX处理（PND14-21）的APPPS1-21小鼠与溶媒处理组的转录组谱。最重要的是，我们还研究了将年龄匹配的Tg雄性小鼠的粪便微生物移植至短期ABX处理（PND14-21）的雄性小鼠中，是否能在9周龄时将脑转录组恢复至溶媒处理雄性小鼠中所观察到的状态。
总体设计：接受抗生素混合物的幼鼠在出生后第14天（PND 14）至第21天（PND 21）期间，通过胃灌胃给予200ml抗生素混合物（含4 mg/ml卡那霉素（Sigma-Aldrich K4000-5g）、0.35 mg/ml庆大霉素（Sigma-Aldrich G1914-250mg）、8,500 U/ml粘菌素（Sigma-Aldrich C4461-1g）、2.15 mg/ml甲硝唑（Sigma-Aldrich M1547-25g）和0.45 mg/ml万古霉素（Sigma-Aldrich V2002-1g）），随后自由饮用常规饮用水，直至9周龄时处死。研究采用WT同窝仔鼠和APPPS1-21 Tg同窝仔鼠，以探讨生命早期微生物组扰动对9周龄时脑转录组谱的影响。此外，我们在PND24时处死了一批WT和APPPS1-21Tg雄性幼鼠，以评估在大剂量ABX治疗结束（PND14-PND21）后即刻的脑转录组变化。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
