MSBB与ROSMAP队列阿尔茨海默病韧性研究数据集

MSBB和ROSMAP队列AD韧性研究 研究名称:MSBB和ROSMAP队列AD韧性研究 研究缩写:MSBB_ ROSMAP _AD_resilience 人类队列:MSBB和ROSMAP队列AD韧性研究(简称MSBB_ ROSMAP _ AD_resilience)是一个多组学数据集,包含来自无阿

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基因组分类阿尔茨海默病神经系统疾病多组学转录组蛋白质组前额叶皮层MSBBROSMAP
Data

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

MSBB与ROSMAP队列阿尔茨海默病韧性研究数据集

MSBB和ROSMAP队列AD韧性研究(简称MSBB_ ROSMAP _AD_resilience)是一个多组学数据集,其英文名称为Data,本站分类归入神经系统疾病下的阿尔茨海默病方向,来源站为synapse.org。该数据集整合了来自死后前额叶皮层(PFC)组织的转录组与蛋白质组匹配图谱,样本取自无阿尔茨海默病临床或病理证据的神经系统正常个体。数据集包含170份bulk RNA测序(RNA-seq)样本和282份基于串联质量标签(TMT)的定量蛋白质组图谱,可用于跨分子层的整合分析。其中,西奈山脑库(MSBB)研究与宗教秩序研究与记忆与衰老项目(ROSMAP)研究分别贡献了82份和88份RNA-seq样本,以及82份和2份相关样本数据。

【数据集背景】

该数据集围绕阿尔茨海默病(AD)韧性研究而建立,旨在通过多组学视角刻画神经系统正常、无AD临床或病理证据的个体。其研究名称为“MSBB和ROSMAP队列AD韧性研究”,研究缩写为MSBB_ ROSMAP _AD_resilience。数据集所属的人类队列同样以该名称命名,强调对AD韧性的探索。从本站分类看,该数据集被归入神经系统疾病/阿尔茨海默病领域,来源站为synapse.org。整体而言,该数据集为理解AD相关分子变化提供了来自两个既有队列的匹配转录组与蛋白质组资源。

【数据内容】

数据集包含匹配的转录组和蛋白质组图谱,均来源于死后前额叶皮层(PFC)组织。具体而言,数据集包括170份bulk RNA测序(RNA-seq)样本和282份基于串联质量标签(TMT)的定量蛋白质组图谱。这些样本来自无阿尔茨海默病临床或病理证据的神经系统正常个体。多组学设计使得跨分子层的整合分析成为可能。在样本贡献方面,西奈山脑库(MSBB)研究贡献了82份RNA-seq样本,宗教秩序研究与记忆与衰老项目(ROSMAP)研究贡献了88份RNA-seq样本;蛋白质组方面,MSBB贡献了82份,ROSMAP贡献了2份。上述内容构成了该数据集的核心数据组成。

【采集与来源】

该数据集的来源站为synapse.org。样本采集自死后前额叶皮层(PFC)组织,研究对象为神经系统正常且无阿尔茨海默病临床或病理证据的个体。数据整合自两个既有队列:西奈山脑库(MSBB)研究和宗教秩序研究与记忆与衰老项目(ROSMAP)研究。其中,MSBB研究贡献了82份RNA-seq样本和82份蛋白质组样本;ROSMAP研究贡献了88份RNA-seq样本和2份蛋白质组样本。关于具体的采集时间、地点、伦理审批及样本处理流程,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于跨分子层的整合分析,例如联合分析转录组与蛋白质组数据,以探索AD韧性相关的分子特征。由于样本来自无AD临床或病理证据的神经系统正常个体,该数据集可用于研究在AD病理缺失情况下前额叶皮层的分子图谱。此外,该数据集也可用于比较MSBB与ROSMAP两个队列在RNA-seq和TMT定量蛋白质组层面的数据特征。关于具体的分析工具、统计方法或研究假设,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过来源站synapse.org获取。使用者可基于170份bulk RNA-seq样本和282份TMT定量蛋白质组图谱进行整合分析。样本分别来自MSBB和ROSMAP两个队列,其中RNA-seq样本为MSBB 82份、ROSMAP 88份;蛋白质组样本为MSBB 82份、ROSMAP 2份。关于数据下载的具体步骤、访问权限、文件格式及预处理流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的一个显著限制是蛋白质组样本在两个队列间的分布不均衡:MSBB贡献了82份,而ROSMAP仅贡献了2份。此外,所有样本均来自无AD临床或病理证据的神经系统正常个体,因此不包含AD患者样本。关于数据质量评估、批次效应、缺失值处理及技术重复等信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于synapse.org,研究名称为MSBB和ROSMAP队列AD韧性研究,缩写为MSBB_ ROSMAP _AD_resilience。关于具体的引用格式、许可协议、使用条款及数据共享政策,源站未提供。

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

###The MSBB and ROSMAP Cohort AD Resilience Study Study name: The MSBB and ROSMAP Cohort AD Resilience Study **Abbreviation of study: **MSBB_ ROSMAP AD_resilience Human cohort: The MSBB and ROSMAP Cohort AD Resilience Study (MSBB ROSMAP _ AD_resilience, in short) is a multi-omics dataset comprising matched transcriptomic and proteomic profiles derived from postmortem prefrontal cortex (PFC) tissue of neurologically normal individuals without clinical or pathological evidence of Alzheimer’s disease (AD). The dataset includes 170 bulk RNA sequencing (RNA-seq) samples and 282 tandem mass tag (TMT)-based quantitative proteomic profiles, enabling integrative analyses across molecular layers. More specifically, the Mount Sinai Brain Bank (MSBB) study1 and the Religious Orders Study and Memory and Aging Project (ROSMAP) Study2 contributed 82 and 88 RNA-seq samples, along with 82 and 200 TMT-based proteomic profiles, respectively. Study participants are stratified into two aging groups: young-old (YO; 60–84 years) and oldest-old (OO; ≥85 years), to facilitate the investigation of age-associated molecular signatures and mechanisms of resilience to AD pathology. In addition to transcriptomic and proteomic measurements, matched whole-genome sequencing (WGS) data are available for most subjects that were previously generated, providing a genomic framework for downstream multi-omics integration and systems-level analyses. Reference List 1. Wang, M. et al. The Mount Sinai cohort of large-scale genomic, transcriptomic, and proteomic data in Alzheimer’s disease. Sci Data 5, 180185 (2018). https://doi.org:10.1038/sdata.2018.185 2. Bennett, D. A., Schneider, J. A., Arvanitakis, Z. & Wilson, R. S. Overview and findings from the religious orders study. Curr Alzheimer Res 9, 628-645 (2012). https://doi.org:10.2174/156720512801322573

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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