单细胞RNA测序统一食管与胃肠化生的发育程序

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/a18474f4-ff1e-4864-af69-270b956cee5b

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

食管中的肠上皮化生（Barrett食管BE-IM）和胃中的肠上皮化生（GIM），分别被认为是食管腺癌和胃腺癌的前驱病变。我们假设BE-IM和GIM在应对不同炎症刺激时遵循平行的发展轨迹。在此，我们构建了一个涵盖整个胃肠道的单细胞RNA测序图谱，并辅以蛋白质表达研究，涵盖了生理正常状态和病理状态，包括：食管中的胃化生（E-GM）、BE-IM、萎缩性胃炎和GIM。我们证明BE-IM和GIM具有共同的分子特征，且单个细胞同时具备胃和肠上皮的转录特性，提示存在表型嵌合现象。在转录水平上，E-GM类似于萎缩性胃炎；在遗传学上，它是克隆性的，且突变负荷低于BE-IM。最后，我们表明GIM和BE-IM获得了促肿瘤的活化成纤维细胞微环境。这些发现提示，BE-IM和GIM可被视为相邻器官中分子相似的实体，为共同的检测和治疗策略开辟了道路。

疾病：巴雷特食管、胃癌、胃肠化生、胃炎、正常。组织：升结肠上皮、胃体、胃贲门、十二指肠、直肠上皮、食管胃交界处、回肠上皮、下段食管。检测方法：10x 3’ v2、10x 3’ v3、10x 5’ v1。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。