COBRA基底细胞癌病理数据集

COBRA 是基底细胞癌相关的皮肤病理全切片图像数据集,包含活检、切除样本和风险癌症病例。由Radboud University Medical Center提供,来自Registry of Open Data on AWS,包含7000条数据记录,适用于分类任务,许可证为CC BY-SA-NC 4.0,专注于肿瘤领域的非黑色素瘤皮肤癌研究。

Radboud University Medical CenterRadboud University Medical Center
Registry of Open Data on AWS
2023-01-01 更新
浏览 17
图像分类aws-pdslife sciencescancercomputational pathologydeep learninghistopathologycomputer vision
COBRA

基本信息

模态
图像
数据量
7000
任务类型
分类
许可
CC BY-SA-NC 4.0
创建/更新时间
2023-01-01

资源简介

COBRA基底细胞癌病理数据集

【一句话概览】

COBRA 是一个皮肤病理数据集,包含超过 7000 张与基底细胞癌诊断相关的组织病理全切片图像,涵盖活检与切除样本,分为四组:约 2500 张带亚型标签的 BCC 活检、2500 张含不同类型皮肤异型增生的非 BCC 活检、1000 张带标签的高危癌症活检(含黑色素瘤、鳞状细胞癌、默克尔细胞癌等罕见危险类型),以及 1000 张 BCC 切除样本(含或不含游离肿瘤边缘,其中 300 张完全标注)。数据集于 2023 年分阶段发布,依次为 BCC 与非 BCC 活检、BCC 切除样本、高危癌症活检(来源 AWS Open Data Registry,CC BY-SA-NC 4.0 许可)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《COBRA》。

【数据内容】

源站原始描述:This page describes the COBRA (Classification Of Basal cell carcinoma, Risky skin cancers and Abnormalities) skin pathology dataset, which comprises over 7000 histopathology whole-slide-images related to the diagnosis of basal cell carcinoma skin cancer, the most commonly diagnosed cancer. The dataset includes biopsies and excisions and is divided into four groups. The first group contains about 2,500 BCC biopsies with subtype labels, while the second group includes 2,500 non-BCC biopsies with d…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):本页介绍COBRA(基底细胞癌、风险性皮肤癌及异常的分类)皮肤病理学数据集,该数据集包含7000多张与基底细胞癌皮肤癌诊断相关的组织病理学全切片图像,基底细胞癌是最常被诊断出的癌症。该数据集包括活检和切除标本,并分为四组。第一组包含约2500例带有亚型标签的BCC活检,第二组包括2500例非BCC活检,涉及不同类型的皮肤发育不良。第三组有1000例标记为风险性癌症的活检,包括黑色素瘤、鳞状细胞癌和梅克尔细胞癌等罕见且危险的类型。最后,第四组包含1000例BCC切除标本,有或无游离肿瘤边缘,其中300例已完全注释。该数据集将在2023年分阶段发布,首先发布BCC和非BCC活检,随后是BCC切除标本,最后是风险性癌症活检。

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个。

【主题与分类】

主题标签:aws-pds、life sciences、cancer、computational pathology、deep learning、histopathology、computer vision。

【适用方向】

影像类数据可用于医学图像分析模型(检测、分割、分类)的训练与评测,也可用于标注质量与成像参数相关性的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://registry.opendata.aws/cobra/

使用许可:CC BY-SA-NC 4.0。

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

COBRA 是基底细胞癌相关的皮肤病理全切片图像数据集,包含活检、切除样本和风险癌症病例。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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