TARGET 神经母细胞瘤数据集
TARGET 神经母细胞瘤项目包含高级别神经母细胞瘤患者的全面基因组学、转录组学以及临床随访数据,旨在发现预测疗效与预后的分子标志物。由National Cancer Institute提供,来自GDC Data Portal,数据格式为表格,包含1114条数据记录,适用于分类任务,许可证为Open Data Commons。

基本信息
资源简介
TARGET 神经母细胞瘤数据集
【一句话概览】
TARGET-NBL 项目包含受控访问数据,需通过 dbGaP 申请获取,具体步骤参见受控数据获取说明。该项目涉及 1132 名受试者,标签涵盖神经母细胞瘤、TARGET、NBL、生物样本、临床信息、DNA 甲基化、测序读段、简单核苷酸变异、结构变异、转录组分析、RNA-Seq 和 WGS(来源 portal.gdc.cancer.gov)。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《TARGET-NBL》。
【数据内容】
源站原始描述:The project has controlled access data which requires dbGaP Access. See instructions for Obtaining Access to Controlled Data
中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):该项目包含受控访问数据,需获得dbGaP访问权限。有关获取受控数据访问权限的说明,请参见指南。
【主题与分类】
主题标签:Neuroblastoma、TARGET、NBL、Biospecimen、Clinical、DNA Methylation、Sequencing Reads、Simple Nucleotide Variation、Structural Variation、Transcriptome Profiling。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面:https://portal.gdc.cancer.gov/projects/TARGET-NBL
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
需登录公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://portal.gdc.cancer.gov/projects/TARGET-NBL
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 4525.00 GB。
数据说明
TARGET 神经母细胞瘤项目包含高级别神经母细胞瘤患者的全面基因组学、转录组学以及临床随访数据,旨在发现预测疗效与预后的分子标志物。
数据加载示例(表格/文本类)
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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