TARGET儿童肉瘤数据资源

TARGET包含儿童肉瘤相关基因组和临床数据资源,可用于软组织肉瘤儿童亚型、驱动变异和跨队列验证研究。 该数据集与软组织肉瘤高度相关,覆盖多模态数据内容,可用于分类、特征筛选、算法评估和临床研究。

National Cancer InstituteNational Cancer Institute
TARGET Data Matrix
2025-01-01 更新
浏览 62
多模态分类cancer genomicsgenome sequencingfunctional genomicscomputational genomicsTARGETTCGAHCMICTD²GDANGenomic Data Commons
TARGET Sarcoma and Pediatric Tumor Data

基本信息

模态
多模态
任务类型
分类
创建/更新时间
2025-01-01

资源简介

TARGET儿童肉瘤数据资源

【一句话概览】

美国国家癌症研究所癌症基因组学办公室致力于以协作团队科学方式推进癌症基因组学研究,涵盖基因组测序、功能基因组学和计算基因组学三个互补子学科,支持改善癌症诊断、治疗和预后。该办公室通过CTD²网络、HCMI、TCGA、TARGET和GDAN等项目开展研究,并为研究界创建基因组学资源,包括CTD²数据门户、HCMI可搜索目录、TCGA发表数据、TCGA泛癌图谱及基因组数据共享平台中的项目数据(来源 ocg.cancer.gov)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Office of Cancer Genomics - NCI》。

【数据内容】

源站原始描述:Office of Cancer Genomics - NCI Skip to main content An official website of the United States government Menu Search Search Research Access Data Funding News & Events About CCG Contacts & Help Supporting genomic science to improve cancer diagnosis, treatments, and outcomes Visit the Genomic Data Commons Explore Research Programs Using a collaborative team science approach, the Office of Cancer Genomics engages in three complementary subdisciplines within cancer genomics: genome sequencing, funct…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):癌症基因组学办公室 - NCI 跳至主要内容 美国政府官方网站 菜单 搜索 搜索 研究 访问数据 资助 新闻与活动 关于CCG 联系与帮助 支持基因组科学以改善癌症诊断、治疗和预后 访问基因组数据共享平台 探索研究项目 采用协作团队科学方法,癌症基因组学办公室致力于癌症基因组学中三个互补的细分学科:基因组测序、功能基因组学和计算基因组学。 癌症靶点发现与开发(CTD²)网络 人类癌症模型计划(HCMI) 癌症基因组图谱(TCGA) 产生有效治疗的可应用研究(TARGET) 基因组数据分析网络(GDAN) 查看所有OCG项目 > OCG数据与资源 癌症基因组学办公室的首要目标是为研究界创建基因组学资源,而我们的数据是关键资源。 CTD²数据门户 HCMI可搜索目录 TCGA出版物数据 TCGA泛癌症图谱 基因组数据共享平台中的OCG项目数据 查看所有OCG数据与资源 > 研究领域 癌症基因组测序 癌症基因组测序识别癌症中导致癌症生长、转移和复发的改变。 功能基因组学 功能基因组学研究特定基因和通路在癌症发生和发展中的作用,并开发针对它们的治疗策略。 计算基因组学 计算基因组学使用统计和计算方法从癌症大数据中获取洞见。 新闻与活动 绘制小细胞肺癌的新谜团 HTAN研究人员讨论其小细胞肺癌单细胞图谱。 ecDNA格外活跃且令人恐惧 染色体外DNA(ecDNA)正逐渐成为癌症基因组中的致癌元件。 致敬Daniela Gerhard Daniela Gerhard以其扎实的工作态度和对科学的热爱而闻名,但她也深切关心同事和癌症患者。 个人基因组学播客 聆听关于在癌症研究最复杂领域之一工作的第一手故事。 查看剧集 促进精准肿瘤学的数据共享平台:基因组数据共享平台 返回顶部 关于 关于CCG 了解我们的研究 更新与见解 博客 资源 NCI网站数字标准

【主题与分类】

主题标签:cancer genomics、genome sequencing、functional genomics、computational genomics、TARGET、TCGA、HCMI、CTD²、GDAN、Genomic Data Commons。

【适用方向】

多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://ocg.cancer.gov/programs/target/data-matrix

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使用方式

数据集获取

源站:https://ocg.cancer.gov/programs/target/data-matrix

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

TARGET包含儿童肉瘤相关基因组和临床数据资源,可用于软组织肉瘤儿童亚型、驱动变异和跨队列验证研究。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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