TCGA头颈鳞癌组学数据
TCGA头颈鳞癌组学数据是公开可访问数据集，包含突变、表达、甲基化、拷贝数和临床数据等表格数据，围绕颞骨癌相关临床表现、影像、信号或组学信息，适合用于分类、模型训练、外部验证和疾病机制探索。
基本信息
资源简介
TCGA头颈鳞癌组学数据
【一句话概览】
癌症基因组图谱对279例头颈部鳞状细胞癌进行了体细胞基因组改变分析。结果显示，人乳头瘤病毒相关肿瘤以PIK3CA螺旋域突变、TRAF3缺失及E2F1扩增为主；吸烟相关肿瘤普遍存在TP53功能缺失突变和CDKN2A失活，并常见3q26/28与11q13/22扩增。部分口腔肿瘤预后较好，拷贝数改变少，伴HRAS或PIK3CA激活突变及CASP8、NOTCH1、TP53失活突变。其他亚组涉及NSD1、AJUBA、FAT1及NFE2L2改变，多见于喉部肿瘤。多数病例存在候选治疗靶点改变（来源 gdc.cancer.gov）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Comprehensive Genomic Characterization of Head and Neck Squamous Cell Carcinomas》。
【数据内容】
源站原始描述：The Cancer Genome Atlas profiled 279 head and neck squamous cell carcinomas (HNSCCs) to provide a comprehensive landscape of somatic genomic alterations. Here we show that human-papillomavirus-associated tumours are dominated by helical domain mutations of the oncogene PIK3CA, novel alterations involving loss of TRAF3, and amplification of the cell cycle gene E2F1. Smoking-related HNSCCs demonstrate near universal loss-of-function TP53 mutations and CDKN2A inactivation with frequent copy number…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：癌症基因组图谱计划对279例头颈部鳞状细胞癌（HNSCCs）进行了分析，提供了体细胞基因组改变的全景图。我们发现，人乳头瘤病毒相关肿瘤主要由致癌基因PIK3CA的螺旋域突变、涉及TRAF3缺失的新改变以及细胞周期基因E2F1的扩增所主导。与吸烟相关的HNSCC几乎普遍存在TP53功能丧失突变和CDKN2A失活，并伴有频繁的拷贝数改变，包括3q26/28和11q13/22的扩增。一个临床预后良好的口腔肿瘤亚群显示出拷贝数改变较少，同时伴有HRAS或PIK3CA的激活突变，以及CASP8、NOTCH1和TP53的失活突变。其他不同的亚群包含染色质修饰因子NSD1、WNT通路基因AJUBA和FAT1的功能丧失改变，以及氧化应激因子NFE2L2的激活，主要见于喉部肿瘤。在大多数HNSCC中确定了治疗候选改变。
【主题与分类】
主题标签：TCGA、HNSC、Head and Neck Squamous Cell Carcinoma、HNSCC、Genomics、Somatic Mutations、Copy Number Alterations、HPV、PIK3CA、TP53。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/hnsc_2014
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/hnsc_2014
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
TCGA头颈鳞癌组学数据包含突变、表达、甲基化、拷贝数和临床数据等表格数据，可用于颞骨癌相关分类、诊断建模、分型或外部验证。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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