ORCA口腔癌标注数据集

ORal Cancer Annotated Dataset 是与舌癌(Tongue cancer)相关的公开数据资源,主要包含TCGA来源口腔鳞癌TMA图像和手工肿瘤分割标注,数据模态为图像,适合用于图像分割、模型训练、基准评测或临床特征分析。

University of Basilicata contributorsUniversity of Basilicata contributors
ORCA
2020-01-01 更新
浏览 48
图像图像分割oral canceroral squamous cell carcinomalesion segmentationannotated imagesTCGAhistopathology
ORal Cancer Annotated Dataset

基本信息

模态
图像
数据量
200
任务类型
图像分割
创建/更新时间
2020-01-01

资源简介

ORCA口腔癌标注数据集

【一句话概览】

ORCA 数据集是口腔癌标注图像集合,图像源自癌症基因组图谱(TCGA)数据集,包含验证集与测试集各 100 个标注样本,用于论文《口腔鳞状细胞癌图像上的自动病变分割》的研究。该数据集仅供教育用途,不提供任何可用性保证。使用 ORCA 数据需引用 F. Martino 等人发表于 Applied Sciences 的论文《基于深度学习的口腔鳞状细胞癌图像逐像素病变分割》(来源 sites.google.com)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《ORCA dataset》。

【数据内容】

源站原始描述:ORCA ORal Cancer Annotated dataset A collection of annotated images from the Cancer Genome Atlas (TCGA) dataset ORal Cancer Annotated dataset This page contains validation and test data used in the paper " Automatic Lesion Segmentation on Oral Squamous Cell Carcinoma Images" submitted to Applied Sciences. The images in ORCA dataset derive from the Cancer Genome Atlas (TCGA) dataset Validation set 100 annotated samples (used in this work ) Test set 100 annotated samples (used in this work ) All t…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):ORCA 口腔癌标注数据集 来自癌症基因组图谱(TCGA)数据集的一组标注图像 口腔癌标注数据集 本页面包含提交至《Applied Sciences》的论文《口腔鳞状细胞癌图像上的自动病变分割》中使用的验证和测试数据。ORCA数据集中的图像源自癌症基因组图谱(TCGA)数据集 验证集 100个标注样本(用于本工作) 测试集 100个标注样本(用于本工作) 本网站上的所有材料均不提供任何关于其可用性的保证。它用于教育目的,并应被视为如此。如果您使用ORCA数据,请引用:F. Martino, D.D. Bloisi, A. Pennisi, M. Fawakherji, G. Ilardi, D. Russo, D. Nardi, S. Staibano, F. Merolla "基于深度学习的口腔鳞状细胞癌图像逐像素病变分割" Applied Sciences: 2020, 10 (22), 8285; https://doi.org/10.3390/app10228285 [ PDF ] domenico.bloisi@unibas.it | 数学、计算机科学与经济系 | 巴西利卡塔大学

【主题与分类】

主题标签:oral cancer、oral squamous cell carcinoma、lesion segmentation、annotated images、TCGA、histopathology。

【适用方向】

影像类数据可用于医学图像分析模型(检测、分割、分类)的训练与评测,也可用于标注质量与成像参数相关性的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://sites.google.com/unibas.it/orca

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源站:https://sites.google.com/unibas.it/orca

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  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

ORCA口腔癌标注数据集包含TCGA来源口腔鳞癌TMA图像和手工肿瘤分割标注,可用于舌癌相关的图像分割研究。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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