HVS：人类变异研究

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/35928d1c-36fc-4f93-9a8d-0b921ab41745

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人类变异研究描述了成人人类大脑皮层各细胞类型中基因表达的变异，并探讨了这种变异与遗传特征的关系。研究收集了75名因肿瘤切除或难治性癫痫接受手术患者的非病理组织的单核RNA测序和全基因组测序数据。细胞核被映射到一个公开可访问的分类系统中，该系统包含在中颞回中鉴定出的127种稳健细胞类型（见链接），并作为映射西雅图阿尔茨海默病脑细胞图谱（SEA-AD）中细胞的参考，以便进行跨研究比较。供体间高度变异的细胞类型丰度和基因表达特征，尤其是在深层谷氨酸能神经元中，在很大程度上无法用人口学因素解释。我们提供这一工具以探索供体内和供体间变异，并鼓励其他科学家在我们的发现基础上进一步拓展。本研究网站提供的数据不需要任何额外的机构审查委员会（IRB）批准或许可。Patch-seq数据可从这些供体子集的相邻组织切片中获得（见链接）。疾病：正常。

组织：新皮质。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。