cBioPortal:胆管癌(新加坡国家癌症中心,Nat Genet 2013)

其核心信息是:对15例胆管癌病例进行全外显子测序,相关文献标识为 pmid:24185513,标题中带有新加坡国家癌症中心与 Nat Genet 2013 的线索

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基因组分类chol
cBioPortal: Cholangiocarcinoma (National Cancer Centre of Singapore, Nat Genet 2013)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-04

资源简介

cBioPortal:胆管癌(新加坡国家癌症中心,Nat Genet 2013)

该数据集是来自 cbioportal.org 的一个胆管癌相关条目,英文名称为 cBioPortal: Cholangiocarcinoma (National Cancer Centre of Singapore, Nat Genet 2013),源站标题为 Cholangiocarcinoma (National Cancer Centre of Singapore, Nat Genet 2013)。其核心信息是:对15例胆管癌病例进行全外显子测序,相关文献标识为 pmid:24185513,标题中带有新加坡国家癌症中心与 Nat Genet 2013 的线索。

【数据集背景】

从源站标题可以看出,该条目与胆管癌研究相关,并标注了 National Cancer Centre of Singapore 以及 Nat Genet 2013。这意味着它对应一项与新加坡国家癌症中心有关、并在 Nat Genet 2013 中出现的胆管癌研究资料。文献标识为 pmid:24185513。除这些标题和标识信息外,关于该研究的立项背景、研究目的、资助来源、作者团队、伦理审批信息、研究设计细节以及为何选择胆管癌作为研究对象等内容,源站未提供。

【数据内容】

源站描述明确写道:Whole exome sequencing of 15 cholangiocarcinoma cases,即对15例胆管癌病例进行全外显子测序。这是该条目最直接的数据内容说明。它在本地分类中属于肿瘤/其他,主题标签为 chol。除上述信息外,关于样本级别的具体信息、病例来源地区、突变基因列表、拷贝数变异、表达数据、临床随访、生存信息、病理亚型、数据文件格式、文件数量、数据体积以及是否包含原始测序数据或处理后数据等内容,源站未提供。

【采集与来源】

该条目的来源站为 cbioportal.org。源站标题显示其与 National Cancer Centre of Singapore 和 Nat Genet 2013 有关,文献标识为 pmid:24185513。源站描述说明其数据内容为15例胆管癌病例的全外显子测序。关于采集地点、采集时间、样本处理流程、测序平台、测序深度、覆盖度、质控标准、纳入与排除标准、知情同意方式以及数据提交和整理流程等,源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息,该条目可用于识别和定位一项胆管癌全外显子测序研究的数据入口,也可能适合需要检索胆管癌癌症基因组数据的研究人员参考。作为 cBioPortal 上的条目,它可服务于癌症基因组数据浏览与检索的通用场景。关于该数据集具体可支持的分析类型,例如疾病亚型分层、治疗反应研究、生物标志物发现、预后分析或跨队列比较等,源站未提供明确说明。

【使用方法】

已知的访问入口是来源站 cbioportal.org。用户如需要了解该数据集,可从该来源站进行查找。关于具体检索路径、页面操作步骤、数据筛选方式、下载方式、可视化功能、API 调用方法、账号权限要求以及是否需要遵守额外访问流程等,源站未提供。对于该数据集在分析前的预处理方法、软件要求、参考基因组版本和结果复现步骤,源站也未提供。

【质量与限制】

源站描述仅说明对15例胆管癌病例进行全外显子测序,未提供质控指标、测序覆盖深度、样本合格标准、数据完整性、批次效应、验证方法、重复样本情况、缺失值处理方式以及研究局限性说明。该数据集涉及15例胆管癌病例这一样本规模信息,除此之外,关于数据质量、适用范围和潜在限制的进一步说明,源站未提供。

【引用与许可】

该条目对应的文献标识为 pmid:24185513,源站标题为 Cholangiocarcinoma (National Cancer Centre of Singapore, Nat Genet 2013)。如需引用,应同时参考来源站 cbioportal.org 以及相关标题和标识信息。关于许可协议、使用条款、二次分发规定、商业使用限制、引用格式、作者列表、期刊卷页信息以及是否需要获得额外授权等内容,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://cbioportal.org/study/summary?id=chol_nccs_2013

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

15例胆管癌病例的全外显子组测序。

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