cBioPortal:胆管癌(ICGC,Cancer Discov 2017)

它围绕胆管癌样本展开,来源站为 cbioportal.org,并在源站描述中说明包含来自10个国家的489例胆管癌样本,采用全外显子组测序以及靶向/外显子测序

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基因组chol
cBioPortal: Cholangiocarcinoma (ICGC, Cancer Discov 2017)

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-11-03

资源简介

cBioPortal:胆管癌(ICGC,Cancer Discov 2017)

该数据集在 cBioPortal 上以“Cholangiocarcinoma (ICGC, Cancer Discov 2017)”为标题呈现,主题标签为 chol,本站分类归入“肿瘤 / 其他”。它围绕胆管癌样本展开,来源站为 cbioportal.org,并在源站描述中说明包含来自10个国家的489例胆管癌样本,采用全外显子组测序以及靶向/外显子测序。除此之外,关于其研究设计、临床注释和具体分析结果,源站未提供。

【数据集背景】

该数据集的源站标题为“Cholangiocarcinoma (ICGC, Cancer Discov 2017)”。从其名称和来源标识看,它与 ICGC 以及 Cancer Discov 2017 相关,引用标识为 pmid:28667006。该数据集在 cBioPortal 上被归入肿瘤 / 其他类别,主题标签为 chol。这些信息表明它属于胆管癌相关数据资源,但关于 ICGC 项目背景、Cancer Discov 2017 一文的研究目的、队列构建过程、样本筛选标准以及数据发布历史等,源站未提供。

【数据内容】

源站描述指出,该数据集包含对489例胆管癌样本进行的全外显子组测序和靶向/外显子测序,样本来自10个国家。可确定的数据内容包括胆管癌样本、测序策略为全外显子组测序和靶向/外显子测序,样本数量为489,地理来源覆盖10个国家。至于具体包含哪些基因、突变、拷贝数、表达、融合、临床变量、生存信息或其它组学层级,源站未提供。样本的病理亚型、分期、治疗信息、随访信息等,源站也未提供。

【采集与来源】

该数据集来源站为 cbioportal.org,源站标题为“Cholangiocarcinoma (ICGC, Cancer Discov 2017)”,引用标识为 pmid:28667006。源站描述说明,其样本来自10个国家,共489例胆管癌样本,测序方式包括全外显子组测序和靶向/外显子测序。关于样本如何采集、伦理审批、知情同意、中心编号、国家分布细节、测序平台、建库方法、数据提交与整合流程等,源站未提供。

【适用场景】

根据已有信息,该数据集可被用于胆管癌相关的数据检索、浏览与探索,尤其适合关注胆管癌样本的全外显子组测序和靶向/外显子测序数据。其主题标签 chol 和“肿瘤 / 其他”分类也有助于在 cBioPortal 中按肿瘤类型定位该资源。然而,具体适用于哪些研究问题、能否用于生存分析、突变频谱分析、跨国比较、验证研究或临床决策支持等,源站未提供。

【使用方法】

该数据集在 cbioportal.org 上呈现。关于访问入口、检索方式、下载格式、数据文件结构、分析工具、可视化选项、账号要求、API 调用方法、版本更新说明及操作教程等,源站未提供。因此,若需使用该数据集,应回到来源站进一步查询相关说明。

【质量与限制】

已知该数据集包含489例胆管癌样本,来自10个国家,测序策略包括全外显子组测序和靶向/外显子测序。其质量评估、样本纳入与排除标准、测序深度、覆盖均匀性、数据完整性、缺失值处理、批次效应、注释准确性、临床信息完整性及潜在偏倚等,源站未提供。该数据集被归入“肿瘤 / 其他”类别,但这是分类信息,不代表对其质量或适用性的评价。使用时应结合来源站信息自行判断。

【引用与许可】

该数据集对应的引用标识为 pmid:28667006,源站标题为“Cholangiocarcinoma (ICGC, Cancer Discov 2017)”,来源站为 cbioportal.org。关于引用格式、许可协议、使用限制、商业用途、再分发条件、隐私与伦理约束等,源站未提供。如需引用或使用,应参考来源站及 pmid:28667006 对应文献的说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://cbioportal.org/study/summary?id=chol_icgc_2017

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

来自10个国家的489例胆管癌样本的全外显子组测序和靶向/外显子组测序。

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