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创建/更新时间

2026-10-17

资源简介

PRJDB16924：顺铂处理多倍体肝癌细胞转录组分析

PRJDB16924 是一个聚焦肝癌细胞转录组的研究数据集，英文名称为 Transcriptome analysis of polyploid liver cancer cells treated with cisplatin。该数据集围绕衰老肝癌细胞的基因表达特征展开，核心思路是以细胞倍性为切入点，比较顺铂处理后处于 G1 期的多倍体与二倍体肝癌细胞在转录层面的差异。研究采用表达 Fucci 的人肝癌细胞系 Huh7，经顺铂处理并通过 FACS 分选获得目标细胞群体后进行分析。数据集在站内归类于肿瘤 / 肝癌方向，来源站为 ebi.ac.uk，可为研究肝癌细胞衰老、倍性变化与基因表达调控之间关系提供转录组层面的数据基础。

【数据集背景】

肝癌细胞在受到化疗药物等压力刺激时，常出现细胞倍性改变与细胞衰老等表型，这些变化与肿瘤治疗反应密切相关。该研究旨在基于细胞倍性阐明衰老肝癌细胞中基因表达的特征，即以多倍体与二倍体细胞的对比为线索，理解倍性状态如何与衰老相关基因表达程序相联系。研究选择人肝癌细胞系 Huh7 作为实验对象，并使其表达 Fucci 报告系统，从而能够依据细胞周期状态识别和分离处于 G1 期的细胞，为在相对一致的细胞周期背景下比较不同倍性细胞提供条件。

【数据内容】

该数据集的内容为顺铂处理后的肝癌细胞转录组分析数据。研究对象是表达 Fucci 的人肝癌细胞系 Huh7 细胞，经顺铂处理后，通过 FACS 分选获得 G1 期的多倍体细胞与二倍体细胞，并对这两类细胞群体进行转录组分析。数据集的核心比较维度是细胞倍性，即在同为 G1 期的条件下，比较多倍体与二倍体衰老肝癌细胞的基因表达特征。关于数据的具体样本数量、测序平台、数据文件格式与规模等信息，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 ebi.ac.uk。实验采集流程可概括为：以表达 Fucci 的 Huh7 人肝癌细胞系为材料，进行顺铂处理，随后利用 FACS 分选技术分离 G1 期的多倍体细胞与二倍体细胞，并对分选后的细胞群体开展转录组分析。该流程的关键在于将药物处理、细胞周期状态识别与倍性分选结合起来，从而在转录组层面比较不同倍性细胞的特征。关于具体的顺铂浓度、处理时长、分选门控策略及测序细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与肝癌细胞倍性、细胞衰老及化疗药物反应相关的转录组研究场景。例如，可用于分析顺铂处理后多倍体与二倍体肝癌细胞之间基因表达特征的差异，探讨倍性状态与衰老相关表达程序的关系；也可作为肝癌细胞系体外实验的参考数据，用于与其它转录组研究进行比较或整合分析。由于研究聚焦于 G1 期细胞，该数据也适合在控制细胞周期背景的前提下开展倍性相关表达分析。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

使用时可围绕细胞倍性这一核心变量，对 G1 期多倍体与二倍体肝癌细胞的转录组数据进行比较分析，关注两类细胞群体在基因表达特征上的差异。分析中应结合实验设计，注意样本对应的是经顺铂处理并经过 FACS 分选的 Huh7 细胞，且细胞均处于 G1 期。关于数据的具体下载方式、文件组织结构和分析流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于人肝癌细胞系 Huh7 的体外实验，研究结论的外推需考虑细胞系模型的固有局限。数据仅涉及顺铂处理后 G1 期的多倍体与二倍体细胞，未涵盖其他细胞周期状态或其他处理条件。关于样本量、重复设置、测序深度及数据质控指标等信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，英文名称为 PRJDB16924: Transcriptome analysis of polyploid liver cancer cells treated with cisplatin。关于具体的引用方式与许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB16924

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB16924

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在基于细胞倍性阐明衰老肝癌细胞中基因表达的特征。将表达Fucci的人肝癌细胞系Huh7细胞用顺铂处理，并经过FACS分选后对G1期的多倍体和二倍体细胞进行分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别