microRNA-21促进脂质代谢失调与肝细胞癌[miRNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE320272

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肝细胞癌（HCC）的患病率正随着肥胖和代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的增加而上升。微小RNA（microRNA）是基因表达的关键转录后调控因子，也是HCC治疗的有吸引力的靶点。在此，我们旨在识别和表征MASH驱动型HCC（MASH-HCC）中失调的微小RNA。我们对MASH或MASH-HCC患者的肝组织以及由激活型β-catenin（ABC）驱动的斑马鱼HCC（ABC是MASH-HCC中最常突变的癌基因之一）中的微小RNA表达进行了分析。我们发现人类和斑马鱼中失调的miRNA存在重叠，包括miR-21，其从正常肝脏到MASH再到MASH-HCC的过程中上调程度逐渐增加。我们构建了在肝细胞中过表达miR-21或表达miR-21海绵的转基因斑马鱼。我们发现miR-21过表达导致幼鱼肝脏过度生长并增加HCC发生，而miR-21海绵则抑制了β-catenin驱动的幼鱼肝脏过度生长。通过组织学和脂质组学分析，我们发现miR-21过表达与ABC一样，抑制了高胆固醇饮食诱导的脂质积累，并增加了酰基肉碱的积累。

因此，在人类和斑马鱼肝细胞癌中同样上调的miR-21，促进了可能有助于驱动肝癌发生的脂质代谢变化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。