非霍奇金淋巴瘤病例对照拷贝数变异分析：11q25重复与弥漫大B细胞淋巴瘤关联

该数据集来自 NCBI BioProject（ID 253226），围绕非霍奇金淋巴瘤病例对照研究开展拷贝数变异分析，并识别出与弥漫大B细胞淋巴瘤相关的 11q25 重复

sra

其他分类Variation

PRJNA253226: Copy number variation analysis on a non-Hodgkin lymphoma case-control study identifies an 11q25 duplication associated with diffuse large B-cell lymphoma

基本信息

模态

其他

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

非霍奇金淋巴瘤病例对照拷贝数变异分析：11q25重复与弥漫大B细胞淋巴瘤关联

该数据集对应 NCBI BioProject 中编号为 253226 的项目，英文名称为“Copy number variation analysis on a non-Hodgkin lymphoma case-control study identifies an 11q25 duplication associated with diffuse large B-cell lymphoma”，源站标题为“Homo sapiens (ID 253226) - BioProject - NCBI”。从名称和侧写线索看，该项目围绕人类非霍奇金淋巴瘤的病例对照研究展开拷贝数变异分析，并识别出与弥漫大B细胞淋巴瘤相关的 11q25 重复。数据集在分类上归入肿瘤 / 白血病方向，主题标签为 Variation，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，它属于 NCBI BioProject 体系下的一项生物学数据集合，用于汇集与单一研究计划相关的多种数据类型，便于用户从统一入口查找和访问该项目产生的数据。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 253226，研究对象为 Homo sapiens。其研究背景是非霍奇金淋巴瘤的病例对照研究，核心工作是对拷贝数变异进行分析。通过这一分析，研究识别出 11q25 重复与非霍奇金淋巴瘤中的弥漫大B细胞淋巴瘤相关。BioProject 作为生物数据集合，通常源自单一机构或联合体发起的单一研究计划，并为用户提供查找该项目所生成的不同数据类型链接的统一入口。该数据集的主题标签为 Variation，本站分类为肿瘤 / 白血病，说明其内容与肿瘤遗传变异，尤其是血液系统肿瘤相关的变异研究有关。

【数据内容】

该数据集的内容围绕非霍奇金淋巴瘤病例对照研究中的拷贝数变异分析展开，并涉及与弥漫大B细胞淋巴瘤相关的 11q25 重复。源站描述指出，BioProject 记录本身是相关生物数据的集合，提供链接以访问由该项目生成的不同数据类型。除上述信息外，关于样本数量、变异位点列表、具体检测平台、原始数据文件类型与规模等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Homo sapiens (ID 253226) - BioProject - NCBI”。其数据归属于 NCBI BioProject 体系，项目编号为 253226。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、病例与对照的具体纳入标准、实验操作流程及数据处理步骤等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与非霍奇金淋巴瘤、弥漫大B细胞淋巴瘤及拷贝数变异相关的研究场景。由于主题标签为 Variation，且本站分类为肿瘤 / 白血病，它可用于查找和访问该项目所汇集的生物数据，支持对 11q25 重复与弥漫大B细胞淋巴瘤关联这一研究方向的进一步了解。也可作为 BioProject 条目，用于定位该项目生成的不同数据类型。关于具体分析流程、统计方法或临床适用性，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录访问该数据集，项目编号为 253226。BioProject 记录提供统一入口，用于查找链接到该项目生成的不同数据类型。关于下载方式、文件格式、数据预处理步骤、分析工具与参数设置等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，源站描述说明了 BioProject 作为生物数据集合的基本性质。关于数据质量评估指标、覆盖度、重复性、批次效应、样本量、人群代表性、验证实验结果及使用限制等，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 253226，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用格式、许可条款、使用限制及数据共享政策等，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA253226

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA253226

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

近期全基因组关联研究已识别出若干非霍奇金淋巴瘤的易感位点。尽管取得了这些成果，非霍奇金淋巴瘤风险中仍有大量遗传变异有待解释。常见的拷贝数变异是基因组变异的重要来源，因此也是解释部分缺失遗传力的潜在来源。在本研究中，我们利用来自681例非霍奇金淋巴瘤病例和749例对照的全基因组关联研究数据进行了拷贝数变异分析，以探索常见结构变异与淋巴瘤易感性之间的关系。在此，我们发现了一个与弥漫性大B细胞淋巴瘤风险相关的新关联，涉及LOC283177长链非编码RNA C末端区域的部分重复，并通过定量PCR进一步验证。对于慢性淋巴细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤，在染色体13q14、11q22-23、14q32和22q11.22上识别出了已知的体细胞缺失。我们的研究表明，全基因组关联研究数据可用于识别与弥漫性大B细胞淋巴瘤疾病风险相关的生殖系拷贝数变异，以及慢性淋巴细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤的体细胞拷贝数变异。

总体设计：我们对来自旧金山湾区的681例非霍奇金淋巴瘤（NHL）病例和749例对照进行了全基因组拷贝数变异（CNV）分析，使用Illumina HumanCNV370-Duo BeadChip芯片进行基因分型。信号强度数据以log R比值（LRR）和B等位基因频率（BAF）值的形式直接从Beadstudio软件获取。通过质量控制过滤排除不可靠样本，最终数据集包含619例NHL病例（205例滤泡性淋巴瘤，242例弥漫大B细胞淋巴瘤，172例慢性淋巴细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤）和730例对照。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别