PRJNA292775:血管内大B细胞淋巴瘤(IVLBCL)的Array CGH分析

数据为针对血管内大B细胞淋巴瘤开展的 Array CGH 分析,物种为 Homo sapiens。可用于研究该淋巴瘤的基因组变异与拷贝数变化

sra
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时间序列分类Variation
PRJNA292775: Array CGH analysis for intravascular large B-cell lymphoma (IVLBCL)

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA292775:血管内大B细胞淋巴瘤(IVLBCL)的Array CGH分析

PRJNA292775 是一个围绕血管内大B细胞淋巴瘤(intravascular large B-cell lymphoma,IVLBCL)开展的 Array CGH 分析项目,研究对象为 Homo sapiens。该项目以比较基因组杂交(Array CGH)技术为核心手段,旨在从基因组层面刻画这一特殊类型淋巴瘤的变异特征。血管内大B细胞淋巴瘤属于肿瘤/淋巴瘤范畴,其病变细胞主要累及血管腔,临床上较为少见,因此针对其基因组拷贝数变化的研究对于理解疾病发生机制具有重要意义。该数据集通过 Array CGH 分析,为探索 IVLBCL 的基因组变异与拷贝数变化提供了数据基础,主题标签为 Variation,适合用于肿瘤基因组学、淋巴瘤分子机制等方向的研究。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库,项目编号为 PRJNA292775,英文标题为“Array CGH analysis for intravascular large B-cell lymphoma (IVLBCL)”。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目组织方式,用于汇集与某一项研究计划相关的多种生物数据,这些数据通常来自单一机构或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供统一的入口,以便查找该项目所产生的不同类型的数据。本数据集所属的源站标题为“Homo sapiens (ID 292775) - BioProject - NCBI”,表明该项目的物种为人类,项目编号为 292775。本站将其归类为肿瘤/淋巴瘤,主题标签为 Variation,说明该数据集的核心关注点在于基因组层面的变异。

【数据内容】

该数据集的内容是针对血管内大B细胞淋巴瘤开展的 Array CGH 分析。Array CGH 是一种用于检测基因组拷贝数变化的技术,通过比较样本与参照基因组之间的杂交信号差异,识别基因组中可能存在的缺失或扩增区域。因此,该数据集可用于研究 IVLBCL 的基因组变异与拷贝数变化。数据所涉及的物种为 Homo sapiens。关于具体的样本数量、检测平台、数据文件格式与规模等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI 的 BioProject 数据库。项目编号为 PRJNA292775,源站标题为“Homo sapiens (ID 292775) - BioProject - NCBI”。BioProject 记录本身是相关生物数据的集合,旨在为用户提供查找该项目所产生各类数据的统一入口。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息以及实验操作流程等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究血管内大B细胞淋巴瘤的基因组变异与拷贝数变化。由于主题标签为 Variation,且分类为肿瘤/淋巴瘤,其潜在应用方向包括:探索 IVLBCL 中基因组拷贝数异常的特征,比较不同样本之间的基因组差异,以及为后续的分子机制研究或生物标志物发现提供数据参考。此外,该数据集也可用于与其它淋巴瘤或肿瘤基因组数据的比较分析。关于具体的分析流程或推荐工具,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该项目记录,项目编号为 PRJNA292775。BioProject 记录提供指向该项目所产生各类数据的链接,用户可据此获取相关的 Array CGH 数据。关于数据下载的具体格式、是否需要专用软件处理、以及数据处理的具体步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于 Array CGH 技术,主要用于检测基因组拷贝数变化,因此其分辨率与检测范围受该技术本身特性的限制。关于数据的具体质量评估指标、样本纳入排除标准、以及可能存在的技术偏差等信息,源站未提供。此外,该数据集仅涉及 Homo sapiens 的血管内大B细胞淋巴瘤,结论的外推需谨慎。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject,项目编号为 PRJNA292775。关于该数据集的引用方式、使用许可、以及数据共享政策等具体信息,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA292775

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

IVLBCL是一种罕见的结外大B细胞淋巴瘤的独特疾病实体。该病的特点是肿瘤细胞选择性地生长在小血管腔内,并且没有明显的淋巴结肿大。我们从原发患者的骨髓样本中开发了患者来源的异种移植IVLBCL小鼠模型。该数据集包括来自小鼠异种移植模型的IVLBCL肿瘤细胞的阵列CGH分析。总体设计:从四个异种移植小鼠模型(IVLBCL #1、#2、#3和#4)的脾脏或肝脏中提取DNA。对于四个模型中的一个(IVLBCL #3),还从该小鼠模型的肾脏、骨髓和肾上腺获取了额外的DNA。随后对总共七个DNA样本进行分析,以识别IVLBCL的拷贝数变异。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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